| 蚤状溞（Daphnia pulex）基因组中MDM2/4类似蛋白及其编码基因的特征 |
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| 引用本文： | 田志环,焦传珍.蚤状溞（Daphnia pulex）基因组中MDM2/4类似蛋白及其编码基因的特征[J].广西农业科学,2013(7):1190-1195. |
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| 作者姓名： | 田志环 焦传珍 |
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| 作者单位： | 韶关学院英东生命科学学院,广东韶关512005 |
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| 基金项目： | 韶关学院香港铭源基金项目（314-140632） |
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| 摘 要： | 【目的】验证蚤状溞基因组是否存在与人类原癌基因MDM2/4同源或相似的基因,为拓展蚤状溞作为模式生物在生物医学领域中的应用奠定基础。【方法】在GenBank中同源搜索蚤状溞MDM2/4基因及其编码蛋白,利用生物信息学工具软件对其基因结构、转录本序列、编码蛋白的性质和结构等进行生物信息学分析。【结果】用BLASTp程序在GenBank蛋白非冗余数据库中对编码的氨基酸序列进行搜索,获得了蚤状溞基因组编码的MDM2/4类似蛋白,并分别命名为DAPPU_mdm2_like和DAPPU_mdm4_like。根据EST序列确定蚤状溞MDM2/4类似基因仅有5个外显子。BLAST比对搜索、亚细胞定位预测、功能结构域分析及同源模建预测结果表明,DAPPU_mdm2_like和DAP-PU_mdm4_like可能是MDM2/4的同源蛋白,DAPPU_mdm2_like的结构功能域含有1个ZnF_RBZ结构域（氨基酸135~159）、1个RING结构域（氨基酸250~290）和RING结构域重叠部分序列形成的另一个ZnF_RBZ结构域（氨基酸269~293）;DAPPU_mdm4_like氨基酸222~263可能是一个RING结构域。利用Needleman-Wunsch双序列全局比对工具比对,发现DAPPU_mdm4_like与DAPPU_mdm2_like具有28.6%的序列一致性和40.4%的相似性。【结论】蚤状溞基因组可能存在MDM2和MDM4的分化。
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| 关 键 词： | 蚤状溞 MDM2 MDM4 生物信息学 基因组 |
Identification and characteristics of MDM2/4 albuminoid and its coding genes in Daphnia pulex genome |
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| TIAN Zhi-huan,JIAO Chuan-zhen.Identification and characteristics of MDM2/4 albuminoid and its coding genes in Daphnia pulex genome[J].Guangxi Agricultural Sciences,2013(7):1190-1195. |
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| Authors: | TIAN Zhi-huan JIAO Chuan-zhen |
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| Institution: | (Department of Biological Sciences, Shaoguan University, Shaoguan, Guangdong 512005, China) |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Daphnia pulex MDM2 MDM4 bioinformatics genome |
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