| 40株新城疫病毒全基因组的比较研究 |
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| 引用本文： | 曹永忠,顾敏,刘文博,刘秀梵. 40株新城疫病毒全基因组的比较研究[J]. 扬州大学学报(农业与生命科学版), 2008, 29(1): 1-5 |
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| 作者姓名： | 曹永忠 顾敏 刘文博 刘秀梵 |
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| 作者单位： | 扬州大学,农业部畜禽传染病学重点开放实验室,江苏,扬州,225009;扬州大学,农业部畜禽传染病学重点开放实验室,江苏,扬州,225009;扬州大学,农业部畜禽传染病学重点开放实验室,江苏,扬州,225009;扬州大学,农业部畜禽传染病学重点开放实验室,江苏,扬州,225009 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金 , 江苏省高校自然科学基础研究计划面上项目 , 江苏省重点实验室基金 |
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| 摘 要： | 利用作者单位测得的和从GenBank检索得到的40株新城疫病毒(NDV)全基因组序列,采用SMS、DNAStar等生物信息分析软件,比较分析NDV全基因组的基本特征和分子进化规律.结果表明: 40株NDV全基因组核酸序列长度有3种:15186、15192、15198 nt,均符合6倍数规律;基因组A T含量占53%～54%,C G含量占46%左右;NDV基因组前三分之一(4500 nt前)序列存在高GC含量区,特别是在大约1200～2400 nt区域,GC含量最高达到69%;F基因片段构建的分子进化树显示,40株NDV划分为两大类(ClassⅠ,ClassⅡ),基因组长度为15198 nt的毒株属于ClassⅠ,其余的属于ClassⅡ;ClassⅡ毒株又分为基因Ⅰ～Ⅶ型,这些已测序的毒株中没有基因Ⅷ和Ⅸ型;病毒6个基因CDS序列构建的进化树显示,各基因进化基本保持一致,仅少数毒株存在差异,可能与病毒分子的基因重组有关.
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| 关 键 词： | 新城疫病毒 全基因组 生物信息学 比较 |
| 文章编号： | 1671-4652(2008)01-0001-05 |
| 修稿时间： | 2008-01-12 |
Comparison of 40 complete genome sequences of Newcastle disease virus |
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| CAO Yong-zhong,GU Ming,LIU Wen-bao,LIU Xiu-fan. Comparison of 40 complete genome sequences of Newcastle disease virus[J]. Journal of Yangzhou University(Agricultural and Life Science Edition), 2008, 29(1): 1-5 |
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| Authors: | CAO Yong-zhong GU Ming LIU Wen-bao LIU Xiu-fan |
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| Affiliation: | Key Lab of Anim Infect Dis;MOA;Yangzhou Univ;Yangzhou 225009;China |
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| Abstract: | Forty complete genome sequences of Newcastle disease virus were obtained from GenBank or from our lab.The fundamental profiles and characteristics of molecular evolution were analyzed and compared through bioinformatics software programs-SMS and DNAStar.The results showed that all sequences presented three type of size in length,15186 nt,15192 nt,15198 nt,and all followed the rule of six.The AT content of genome was 53%-54%,whereas the GC content was around 46% respectively.The GC-rich was observed at the f... |
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| Keywords: | Newcastle disease virus complete genome bioinformatics comparing |
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