| 植物病原细菌(Ralstonia solanacearum)染色体基因组分泌信号肽计算机分析 |
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| 引用本文： | 周晓罡,丁玉梅,张绍松,孙茂林,李建平.植物病原细菌(Ralstonia solanacearum)染色体基因组分泌信号肽计算机分析[J].西南农业学报,2008,21(2):340-345. |
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| 作者姓名： | 周晓罡 丁玉梅 张绍松 孙茂林 李建平 |
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| 作者单位： | 1. 云南省农业科学院生物技术与种质资源研究所,云南,昆明,650223;云南省农业生物技术重点实验室,云南,昆明,650223
2. 云南农业大学农业职业技术学院,云南,昆明,650031 |
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| 基金项目： | 云南省自然基金项目(No.2006C0062M);云南省"十一五"科技攻关项目(2006NG08);云南省自然科学基金(No.2004C0025Q) |
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| 摘 要： | 应用SignalP3．0、TMHMM2．0、THUMBUP、big—PI、TargetP1．01、Lipop1．0、TatP1．0等7种软件对植物病原细菌Ralstonla solanacearumGMI1000染色体基因组3448个氨基酸序列进行预测分析。结果表明，该物种染色体基因组分泌信号肽ORFs有178个，占其基因组编码ORFs的5．2％，其中有150个ORFs属于I型分泌信号肽，28个ORFs属于Ⅱ型分泌信号肽。在178个ORFs中具RR—motif信号肽结构的有13个，其中11个属于I型信号肽，2个属于Ⅱ型信号肽。通过软件预测未发现Comc型信号肽与细菌素-信息素型信号肽结构。在染色体分泌信号肽ORFs中，有116个具可预测功能，其余62个为功能未知的推定蛋白。已知功能主要集中于细胞代谢、细胞调控及转运、细胞膜结构等领域，这些功能是该物种在长期进化过程中与环境中各种因子发生互作，相互适应的结果。
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| 关 键 词： | Ralstonia solanacearum GMI1000 染色体基因组 分泌信号肽 |
| 文章编号： | 1001-4829(2008)02-0340-06 |
| 修稿时间： | 2007年12月15 |
Computer analysis of the secreted signal peptide encoded by chromosome genome of the plant pathogens Ralstonia solanacearum GMI1O00 bacteria |
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| ZHOU Xiao-gang,DING Yu-mei,ZHANG Shao-song,SUN Mao-lin,LI Jian-ping.Computer analysis of the secreted signal peptide encoded by chromosome genome of the plant pathogens Ralstonia solanacearum GMI1O00 bacteria[J].Southwest China Journal of Agricultural Sciences,2008,21(2):340-345. |
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| Authors: | ZHOU Xiao-gang DING Yu-mei ZHANG Shao-song SUN Mao-lin LI Jian-ping |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Ralstonia solanacearum GMI1000 |
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