广藿香α-淀粉酶PcAMY1基因克隆和序列分析

为了解广藿香对淀粉的利用,克隆了广藿香(Pogostemon cablin)的α-淀粉酶(alpha-amylase,AMY)基因,对其进行相关生物信息学分析。搜索本课题组建立的广藿香转录组数据库,获得AMY基因全长序列,并设计全长引物进行PCR验证;利用生物信息学软件对AMY基因进行生物信息学分析。本研究获得的广藿香AMY基因命名为PcAMY1基因(GenBank登录号为KC862311),该基因全长1 420 bp,编码422个氨基酸。基于生物信息软件分析了PcAMY1基因编码蛋白的理化特性。系统进化树分析结果表明,PcAMY1基因与牵牛(Ipomoea nil)的AMY序列同源性最高,与赤豆(Vigna angularis)、菜豆(haseolus vulgaris)、蒺藜苜蓿(Medicago truncatula)等植物次之,与自然进化关系保持一致。PcAMY1基因在广藿香嫩茎、成熟茎、老茎、嫩叶、成熟叶、老叶中均有表达,但在老茎中表达量最高。成功克隆到广藿香PcAMY1基因,并对其进行相关生物信息学与基因表达分析。