| 基于茶树芽叶转录组序列的EST-SSR分布特征研究 |
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| 引用本文： | 陈琪,杨华,韦朝领,张正竹,宛晓春. 基于茶树芽叶转录组序列的EST-SSR分布特征研究[J]. 安徽农业大学学报, 2016, 43(2): 170-175. DOI: 10.13610/j.cnki.1672-352x.20160311.002 |
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| 作者姓名： | 陈琪 杨华 韦朝领 张正竹 宛晓春 |
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| 作者单位： | 安徽农业大学省部共建茶树生物学与资源利用国家重点实验室,合肥,230036;安徽农业大学省部共建茶树生物学与资源利用国家重点实验室,合肥 230036;安徽农业大学理学院,合肥 230036 |
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| 基金项目： | 安徽省科技专项（13Z03012）, 安徽省创新型省份建设专项（15CZS08032）和国家自然科学基金（31500566）共同资助。 |
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| 摘 要： | 采用生物信息学方法对茶树(Camellia Sinensis)叶部不同发育阶段(单芽/三叶)转录组中的EST-SSR位点信息进行分析,以期为茶树分子标记辅助育种提供有效的参考。利用SSRFINDER软件,对茶树芽叶转录组的高通量测序获得的97454条Unigenes序列(100.91Mb)进行大通量SSR位点的筛选,共获得36249个SSR位点,分布于27913条Unigenes序列中,其发生频率为28.64%,平均分布密度为1/2.78 kb。在茶树芽叶的转录组序列中共发现962种碱基重复基元,其中占主导的是以(AG/CT)n为主(占总SSRs的23.78%)的二核苷酸重复,占到总SSRs的59.19%,其次是三核苷酸和单核苷酸重复,其占比分别为20.92%和13.13%。茶树芽叶转录组所含不同重复基元SSRs的平均长度,相对全器官转录组较短,其中占比最高的是重复长度为18 bp的中长重复序列,占到总SSRs的23.37%,而大于25 bp的较长序列重复极少。同时对茶树不同器官转录组测序的SSR分布特性进行了分析比较,以期为后续的分子标记开发提供参考。
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| 关 键 词： | 茶树 微卫星 芽叶转录组 |
| 收稿时间： | 2015-11-24 |
Density and characterization of EST-SSR in tea (Camellia sinensis) bud and leaf transcriptome |
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| CHEN Qi,YANG Hu,WEI Chaoling,ZHANG Zhengzhu and WAN Xiaochun. Density and characterization of EST-SSR in tea (Camellia sinensis) bud and leaf transcriptome[J]. Journal of Anhui Agricultural University, 2016, 43(2): 170-175. DOI: 10.13610/j.cnki.1672-352x.20160311.002 |
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| Authors: | CHEN Qi YANG Hu WEI Chaoling ZHANG Zhengzhu WAN Xiaochun |
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| Affiliation: | State Key Laboratory of Tea Plant Biology and Utilization, Anhui Agricultural University, Hefei 230036,State Key Laboratory of Tea Plant Biology and Utilization, Anhui Agricultural University, Hefei 230036; School of Science, Anhui Agricultural University, Hefei 230036,State Key Laboratory of Tea Plant Biology and Utilization, Anhui Agricultural University, Hefei 230036,State Key Laboratory of Tea Plant Biology and Utilization, Anhui Agricultural University, Hefei 230036 and State Key Laboratory of Tea Plant Biology and Utilization, Anhui Agricultural University, Hefei 230036 |
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