| 高通量花生转录组分析系统的构建与应用 |
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| 引用本文： | 陈小平,洪彦彬,张二华,刘海燕,梁炫强. 高通量花生转录组分析系统的构建与应用[J]. 中国油料作物学报, 2011, 33(3): 235-241 |
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| 作者姓名： | 陈小平 洪彦彬 张二华 刘海燕 梁炫强 |
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| 作者单位： | 广东农业科学院作物研究所，广州，510640
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| 基金项目： | 现代农业产业技术体系建设专项资金，国家863计划，国家自然科学基金，广东省自然科学基金，粤港招标项目 |
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| 摘 要： | 采用PC机为硬件平台，基于Linux操作系统，以Perl语言作为主要的程序编辑语言，整合SeqClean、TGICL、RepeatMasker，Blast，Bioperl等软件或模块，构建自动化、高通量的转录组分析系统。整个分析系统以三个自编的Perl脚本为主程序，其中以assemble.pl为主程序的序列组装，以annotFun.pl为主程序的功能注释和以annotGO.pl为主程序的功能分类。通过分析粤油20在叶斑病诱导下获得的8 328个叶片EST，进一步验证该系统的稳定性和可靠性。本文构建的花生转录组分析系统通过三个主程序能够自动、简洁、高通量地完成花生转录组数据的组装、注释与分类，为花生功能基因组学研究提供有价值的生物信息，也为其他生物信息平台的构建提供借鉴。
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| 关 键 词： | 花生 转录组 分析系统 高通量 |
Construction and application of a high - throughput analysis system for peanut transcriptome |
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| CHEN Xiao-ping,HONG Yan-bin,ZHANG Er-hua,LIU Hai-yan,LIANG Xuan-qiang. Construction and application of a high - throughput analysis system for peanut transcriptome[J]. Chinese Journal of Oil Crop Sciences, 2011, 33(3): 235-241 |
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| Authors: | CHEN Xiao-ping HONG Yan-bin ZHANG Er-hua LIU Hai-yan LIANG Xuan-qiang |
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| Affiliation: | CHEN Xiao-ping,HONG Yan-bin,ZHANG Er-hua,LIU Hai-yan,LIANG Xuan-qiang(Crops Research Institute,Guangdong Academy of Agriculture Sciences,Guangzhou 510640,China) |
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| Abstract: | |
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