高通量花生转录组分析系统的构建与应用 |
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引用本文: | 陈小平,洪彦彬,张二华,刘海燕,梁炫强.高通量花生转录组分析系统的构建与应用[J].中国油料作物学报,2011,33(3):235-241. |
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作者姓名: | 陈小平 洪彦彬 张二华 刘海燕 梁炫强 |
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作者单位: | 广东农业科学院作物研究所,广州,510640
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基金项目: | 现代农业产业技术体系建设专项资金,国家863计划,国家自然科学基金,广东省自然科学基金,粤港招标项目 |
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摘 要: | 采用PC机为硬件平台,基于Linux操作系统,以Perl语言作为主要的程序编辑语言,整合SeqClean、TGICL、RepeatMasker,Blast,Bioperl等软件或模块,构建自动化、高通量的转录组分析系统。整个分析系统以三个自编的Perl脚本为主程序,其中以assemble.pl为主程序的序列组装,以annotFun.pl为主程序的功能注释和以annotGO.pl为主程序的功能分类。通过分析粤油20在叶斑病诱导下获得的8 328个叶片EST,进一步验证该系统的稳定性和可靠性。本文构建的花生转录组分析系统通过三个主程序能够自动、简洁、高通量地完成花生转录组数据的组装、注释与分类,为花生功能基因组学研究提供有价值的生物信息,也为其他生物信息平台的构建提供借鉴。
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关 键 词: | 花生 转录组 分析系统 高通量 |
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