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高通量花生转录组分析系统的构建与应用
引用本文:陈小平,洪彦彬,张二华,刘海燕,梁炫强.高通量花生转录组分析系统的构建与应用[J].中国油料作物学报,2011,33(3):235-241.
作者姓名:陈小平  洪彦彬  张二华  刘海燕  梁炫强
作者单位:广东农业科学院作物研究所,广州,510640

基金项目:现代农业产业技术体系建设专项资金,国家863计划,国家自然科学基金,广东省自然科学基金,粤港招标项目
摘    要:采用PC机为硬件平台,基于Linux操作系统,以Perl语言作为主要的程序编辑语言,整合SeqClean、TGICL、RepeatMasker,Blast,Bioperl等软件或模块,构建自动化、高通量的转录组分析系统。整个分析系统以三个自编的Perl脚本为主程序,其中以assemble.pl为主程序的序列组装,以annotFun.pl为主程序的功能注释和以annotGO.pl为主程序的功能分类。通过分析粤油20在叶斑病诱导下获得的8 328个叶片EST,进一步验证该系统的稳定性和可靠性。本文构建的花生转录组分析系统通过三个主程序能够自动、简洁、高通量地完成花生转录组数据的组装、注释与分类,为花生功能基因组学研究提供有价值的生物信息,也为其他生物信息平台的构建提供借鉴。

关 键 词:花生  转录组  分析系统  高通量
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