野生树鼩实验动物化过程中粪便菌群的多样性及组成

从云南昆明西郊野外捕捉6只成年野生树鼩,于中国科学院昆明灵长类研究中心人工驯养6个月。于刚捕捉回(野生组)和人工驯养6个月(驯养组)时,收集新鲜粪便样本,共12份,运用IlluminaMiSeq测序平台,以16S rRNA的V3–V4区域为目标进行高通量测序,比较分析树鼩在人工驯养前后粪便菌群的多样性及组成。结果表明:树鼩粪便菌群的OTU多样性Shannon指数和Simpson指数组间的差异均无统计学意义,野生组树鼩粪便菌群的OTU丰富度Chao指数、Ace指数、Sobs指数均显著高于驯养组的;PCo A主成分分析结果显示,野生树鼩与人工驯养树鼩的粪便菌群具有明显的差异,但同组内个体间的菌群差异不明显;在门水平上,树鼩粪便的优势菌门主要有厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门,但其在不同组树鼩粪便菌群的相对丰度不同;在纲水平上,野生组菌群主要有芽孢杆菌纲和拟杆菌纲,驯养组菌群主要有拟杆菌纲、梭菌纲和厌氧菌纲,γ–变形菌纲、厌氧菌纲相对丰度在2组间的差异有统计学意义(P0.05);在目水平上,野生组菌目主要有乳杆菌目和拟杆菌目,驯养组菌目主要有拟杆菌目和梭菌目,驯养组的Selenomonadales相对丰度显著高于野生组的(P0.05);在科水平上,野生组菌科主要有链球菌科和普雷沃氏菌科,驯养组菌科主要有普雷沃氏菌科和韦荣氏球菌科,驯养组的韦荣氏球菌科相对丰度显著高于野生组的(P0.05);在属水平上,野生组菌属主要有链球菌属和乳球菌属,驯养组菌属主要有普雷沃菌属和巨单胞菌属,野生组的链球菌属相对丰度极显著高于驯养组的(P0.01),驯养组的巨单胞菌属相对丰度显著高于野生组的(P0.05)。可见,野生树鼩经过人工驯养后,粪便微生物区系中的一些菌群发生了变化,菌群结构与野生组有差异,但不显著,粪便菌群结构变化呈简单化的趋势。