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| 茎瘤固氮根瘤菌Azorhizobium caulinodans ORS571基因组密码子使用偏好性分析 | |
| 引用本文： | 王新新,吴亮,朱生凤,赵林,安伟,陈宇. 茎瘤固氮根瘤菌Azorhizobium caulinodans ORS571基因组密码子使用偏好性分析[J]. 核农学报, 2013, 27(6): 768-774 |
| 作者姓名： | 王新新 吴亮 朱生凤 赵林 安伟 陈宇 |
| 作者单位： | 1. 天津大学环境科学与工程学院,天津300072;中海石油环保服务有限公司,天津300452 2. 中海石油环保服务有限公司,天津,300452 3. 中国海洋石油总公司,北京,100010 4. 天津大学环境科学与工程学院,天津,300072 |
| 基金项目： | 中国海洋石油总公司科技项目 |
| 摘 要： | 目前对于自生固氮菌和共生固氮菌的密码子使用特征已有较深入的了解,然而对于既可以进行自生固氮又可以共生固氮的固氮菌的认识仍十分有限。本研究采用对应分析、相关分析和卡方检验等方法对具有这一特征的茎瘤固氮根瘤菌ORS571基因组密码子进行分析,以期深入了解该类固氮菌密码子使用特征。以有效密码子数量(ENC)和密码子第3位GC含量(GC3s)分别为x、y轴绘制ENC-plot图谱,同时绘制描述仅受基因组碱基组成影响条件下的ENC和GC3s关系的期望曲线。结果发现,部分基因位于期望曲线上,说明该菌密码子偏好性受到了基因组碱基组成影响。对应分析和相关分析表明,包括固氮相关基因在内的全部基因在对应分析第1向量轴上的坐标值均与密码子适应指数和GC3s呈显著负相关(P<0.05),说明该菌码子偏好性还受基因表达水平和GC3s的影响。22个密码子的使用频率在高表达基因中显著增多,确定为最优密码子。其中21个密码子以G/C结尾,说明最优密码子有强烈的GC3s偏好。 |
| 关 键 词： | 对应分析 相关分析 卡方检验 固氮 最优密码子 |
Analysis of Codon Usage Bias in the Genome of Azorhizobium Caulinodans ORS571 |
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| WANG Xin-xin,WU Liang,ZHU Sheng-feng,ZHAO Lin,AN Wei,CHEN Yu. Analysis of Codon Usage Bias in the Genome of Azorhizobium Caulinodans ORS571[J]. Acta Agriculturae Nucleatae Sinica, 2013, 27(6): 768-774 | |
| Authors: | WANG Xin-xin WU Liang ZHU Sheng-feng ZHAO Lin AN Wei CHEN Yu |
| Affiliation: | 1,2(1School of Environmental Science and Engineering,Tianjin University,Tianjin 300072; 2China Offshore Environmental Service Co.Ltd.,Tianjin 300452;3China National Offshore Oil Corporation,Beijing 100010) |
| Abstract: | |
| Keywords: | Correspondence analysis Correlation analysis Chi square tests Nitrogen fixation Preferred codon |
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