肉鸡肌肉与脂肪组织基因组差异剪接基因分析 |
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引用本文: | 张敏,王杰,孙艳发,钟礼鹏,李焰,许卫华,李虹仪,张茂,黄其春.肉鸡肌肉与脂肪组织基因组差异剪接基因分析[J].畜牧兽医学报,2018(10). |
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作者姓名: | 张敏 王杰 孙艳发 钟礼鹏 李焰 许卫华 李虹仪 张茂 黄其春 |
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作者单位: | 龙岩学院生命科学学院;福建省家畜传染病防治与生物技术重点实验室;中国农业科学院北京畜牧兽医研究所 |
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摘 要: | 旨在鉴定和分析肉鸡肌肉和脂肪组织基因组差异剪接基因(differential splicing gene,DSG)。本研究采用Illumina Hiseq 2500测序平台对AA肉鸡胸肌和腹部脂肪组织各3个样品进行转录组测序,使用rMATS软件检测样品中可变剪接事件(alternative splicing,AS)和组织间的DSG,并对DSG进行GO功能富集和KEGG通路分析。结果表明,在肉鸡肌肉和脂肪组织中分别检测到(5 966.00±111.66)和(6 757.00±156.51)个可变剪接事件(P=0.002)。5种可变剪接类型中以外显子跳跃(skipped exon,SE)为主,分别占肌肉和脂肪组织中可变剪接事件总数量的54.92%和52.67%。肌肉和脂肪组织基因组间检测到513个显著的DSGs。GO基因富集分析发现,93个DSGs显著富集于细胞组分和分子功能中。信号通路分析发现,31个DSGs富集在肌动蛋白细胞骨架调节、焦点粘连、丙酮酸代谢和细胞内吞作用信号通路中,其中14个DSGs在肌肉和脂肪组织基因组中的表达水平未发生显著变化。本研究通过对肉鸡肌肉和脂肪组织基因组中DSG的鉴定与分析,为研究可变剪接及其调控机制、组织间差异剪接的多样性提供理论依据。
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