| 甜菜ARF基因家族生信分析及种子萌发期差异表达 |
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| 引用本文： | 刘乃新,吴玉梅.甜菜ARF基因家族生信分析及种子萌发期差异表达[J].中国农学通报,2020,36(26):22-28. |
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| 作者姓名： | 刘乃新 吴玉梅 |
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| 作者单位： | 黑龙江大学现代农业与生态环境学院,哈尔滨 150080 |
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| 基金项目： | 国家现代农业产业技术体系(糖料)建设专项“质量安全与营养品质评价”(CARS-17-0503);国家农产品质量安全风险评估专项经费“项目名称”(GJFP2020010002) |
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| 摘 要： | 本研究旨在了解甜菜种子在萌发期,干旱环境条件下,ARF基因家族的表达差异。对处理组（15%PEG模拟干旱胁迫）和对照组（蒸馏水）萌发期3个阶段（干种子、种壳开裂、露白）甜菜样品进行了转录组测序。采用生物信息学方法对甜菜ARF基因系统进化、蛋白保守结构域、染色体分布、干旱下差异表达量进行了分析。氨基酸序列分析表明,甜菜萌发期ARF转录因子含有8个保守元件,8个保守元件的结构域所含有的氨基酸位点数量不一致,推测与相应的DNA分子进行结合和行使功能有关,在染色体上呈不均匀分布。转录组测序结果表明,干种子,种壳开裂和露白这3个时期,对照条件下和干旱条件下,EntrezID-104886784,104903260,104908672三种基因表达均量逐渐升高,且升高趋势明显。干旱胁迫条件下种壳开裂时,EntrezID-104886784表达量升高最为明显,其次是EntrezID-104903260,EntrezID-104908672表达量升高较少;对照中EntrezID-104908672,EntrezID-104886784表达量升高明显。而到了露白的时候,仅EntrezID-104903260表达量升高最为明显。甜菜基因组共有14个ARF转录因子,其中3个转录因子在干旱胁迫下差异表达,且预测干旱条件对EntrezID-104908672,EntrezID-104903260两个基因影响显著。
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| 关 键 词： | 甜菜 ARF基因家族 生信分析 干旱胁迫 萌发期 |
| 收稿时间： | 2020-01-12 |
ARF Gene Family in Sugar Beet: Bioinformatics Analysis and Differential Expression in Seed Germination Period |
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| Liu Naixin,Wu Yumei.ARF Gene Family in Sugar Beet: Bioinformatics Analysis and Differential Expression in Seed Germination Period[J].Chinese Agricultural Science Bulletin,2020,36(26):22-28. |
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| Authors: | Liu Naixin Wu Yumei |
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| Institution: | Academy of Modern Agriculture and Ecological Environment, Heilongjiang University, Harbin 150080 |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | sugarbeet ARF gene family bioinformatics analysis drought stress germination period |
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