| 小麦EST-SSR标记的开发和遗传作图 |
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| 引用本文： | 潘海涛,汪俊君,王盈盈,齐照良,李斯深. 小麦EST-SSR标记的开发和遗传作图[J]. 中国农业科学, 2010, 43(3): 452-461. DOI: 10.3864/j.issn.0578-1752.2010.03.002 |
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| 作者姓名： | 潘海涛 汪俊君 王盈盈 齐照良 李斯深 |
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| 作者单位： | （山东农业大学农学院/作物生物学国家重点实验室）; |
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| 摘 要： | 【目的】利用小麦EST序列数据库开发EST-SSR标记。【方法】对GenBank/dbEST注册的普通小麦EST序列(2006.4.18—2007.2.4)进行SSR查找,采用Primer5.0软件设计EST-SSR引物,选用3个小麦品种进行有效性检测,利用RIL群体和Mapmaker/Exp3.0软件进行遗传作图。【结果】在265362条普通小麦EST序列中,共发现6314个SSR,占整个EST数据库的2.38%。其中二核苷酸、三核苷酸重复序列最多,分别为2237(35.43%)和2084(33.01%)个。二核苷酸重复中,以GA/CT和AG/TC出现频率最高、分别占SSR总数的17.85%和10.37%,其次是CA/GT(4.07%)和AC/TG(2.53%);三核苷酸重复中,CAA/GTT(3.93%)、CGG/GCC(3.83%)、CGC/GCG(3.36%)、GGC/CCG(3.14%)、CTT/GAA(2.53%)、TGC/ACG(2.27%)以较高的频率出现。根据筛选得到的微卫星序列共设计了596个EST-SSR引物对,选择其中95分以上的194个合成。PCR检测表明,165个引物对(85%)可以扩增出稳定清晰的带型;在RIL群体中检测到21个EST-SSR引物26个位点有多态性,将其中的23个位点整合到已有的小麦遗传图谱上。【结论】开发了165个小麦EST-SSR新标记,EST序列是小麦SSR标记的重要来源。
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| 关 键 词： | face=Verdana>小麦 EST-SSR 分子标记 RIL 遗传图谱 |
| 收稿时间： | 2009-03-04; |
Development and Mapping of EST-SSR Markers in Wheat |
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| PAN Hai-tao,WANG Jun-jun,WANG Ying-ying,QI Zhao-liang,LI Si-shen. Development and Mapping of EST-SSR Markers in Wheat[J]. Scientia Agricultura Sinica, 2010, 43(3): 452-461. DOI: 10.3864/j.issn.0578-1752.2010.03.002 |
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| Authors: | PAN Hai-tao WANG Jun-jun WANG Ying-ying QI Zhao-liang LI Si-shen |
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| Affiliation: | (National Key Laboratory of Crop Biology/College of Agronomy, Shandong Agricultural University)
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| Abstract: | Objective The objective of this study was to develop new simple sequence repeat (SSR) markers from EST (Expressed sequence tag) sequences (EST-SSR markers) for wheat. Method The wheat EST sequences from GenBank/dbEST (from April 18, 2006 to February 4, 2007) were used to search for SSRs, EST-SSR primer pairs were designed using Primer5.0 software, the validity of primer pairs were detected using three wheat varieties, and the marker loci were mapped using RIL population and Mapmaker/Exp3.0 software.ResultFr... |
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| Keywords: | EST-SSR RIL wheat EST-SSR molecular marker RIL genetic map |
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