| 鮸鱼全长均一化cDNA文库的构建及EST序列信息学分析 |
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| 引用本文： | 徐田军,孙悦娜,石戈,王日昕.鮸鱼全长均一化cDNA文库的构建及EST序列信息学分析[J].浙江大学学报(农业与生命科学版),2011,37(6). |
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| 作者姓名： | 徐田军 孙悦娜 石戈 王日昕 |
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| 作者单位： | 浙江海洋学院海洋科学学院海洋生物资源与分子工程实验室,浙江舟山,316000 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金，浙江省自然科学基金，浙江省优先主题资助项目 |
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| 摘 要： | 采用双链特异性核酸酶(DSN)均一化技术与SMART技术相结合,以经过鳗弧菌感染后获得的娩鱼脾脏材料构建均一化全长cDNA文库.该原始文库约含有7.5×106个重组子,插入片段在1～3kb之间,文库滴度为1.6×106 CFU.mL-1.从文库中随机挑选5 952个克隆进行测序,共获得5 053条表达序列标签(EST),其中高质量序列4 609条.对序列进行组装后,发现非冗余基因序列3 221条,重叠群656个,单拷贝序列2 565条,冗余率为30.11％.对全部序列分析后发现,其平均读长为550 bp,大部分序列长度在500～599 bp之间,GC含量大部分分布于40％～60％之间.1 397个基因能够进行GO( gene ontology)功能注释,并初步筛选到大量与免疫功能相关的蛋白家族及功能域的基因序列,为进一步娩鱼分子育种奠定了基础.
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| 关 键 词： | 娩鱼 脾脏 均一化cDNA文库 表达序列标签 |
Establishment of a normalized full-length cDNA library and bioinformatic analysis of ESTs of Miichthysmiiuy. |
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| XU Tian-jun,SUN Yue-na,SHI Ge,WANG Ri-xin.Establishment of a normalized full-length cDNA library and bioinformatic analysis of ESTs of Miichthysmiiuy.[J].Journal of Zhejiang University(Agriculture & Life Sciences),2011,37(6). |
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| Authors: | XU Tian-jun SUN Yue-na SHI Ge WANG Ri-xin |
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| Institution: | XU Tian-jun,SUN Yue-na,SHI Ge,WANG Ri-xin(Laboratory for Marine Living Resources and Molecular Engineering,College of Marine Science,Zhejiang Ocean University,Zhoushan,Zhejiang 316000,China) |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Miichthys miiuy spleen normalized cDNA library expressed sequence tags |
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