| 巨菌草内生固氮菌Klebsiella variicola GN02 nifH基因的克隆及生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 林标声,张浣星,何玉琴,罗茂春,林占熺. 巨菌草内生固氮菌Klebsiella variicola GN02 nifH基因的克隆及生物信息学分析[J]. 湖北农业科学, 2020, 59(3): 147-153. DOI: 10.14088/j.cnki.issn0439-8114.2020.03.033 |
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| 作者姓名： | 林标声 张浣星 何玉琴 罗茂春 林占熺 |
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| 作者单位： | 龙岩学院生命科学学院,福建龙岩364012;福建农林大学生命科学学院,福建福州 350002,奥兰多(杭州)实业有限公司,浙江杭州 310051,龙岩学院生命科学学院,福建龙岩364012,龙岩学院生命科学学院,福建龙岩364012,福建农林大学生命科学学院,福建福州 350002;国家菌草工程技术研究中心,福建福州 350002 |
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| 基金项目： | 中央引导地方科技发展专项 |
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| 摘 要： | 研究巨菌草(Pennisetum giganteum)内生固氮菌Klebsiella variicola GN02 nifH基因的生物学信息,对GN02菌株nifH基因进行克隆及完整性验证,并采用多种生物学在线软件对其进行生物信息学预测和分析。结果表明,GN02菌株nifH基因具有完整的ORF,长度882 bp,编码293个氨基酸,NCBI GenBank登录号为MK131264。生物信息学分析表明,GN02菌株nifH基因具有高度保守性,与其他物种来源的nifH基因核苷酸序列及氨基酸序列同源性均达到95%以上。nifH蛋白总相对分子量为31 970.73、理论等电点pI为4.72;跨膜模型倾向N-末端向外的由内到外的跨膜、整个多肽链表现为亲水性;有2个糖基化位点但无分泌信号肽,有可能存在螺旋卷曲结构;二级结构预测表明α-螺旋和无规则卷曲是其多肽链中的主要结构元件,延伸链散布于整个蛋白质中;在数据库中能对该蛋白进行三维同源建模。
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| 关 键 词： | 巨菌草(Pennisetum giganteum) 内生固氮菌 Klebsiella variicola nifH基因 克隆 生物信息学 |
Cloning and bioinformatics analysis on nifH gene of endophytic nitrogen-fixing bacteria Klebsiella variicola GN02 isolated from Pennisetum giganteum |
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| LIN Biao-sheng,ZHANG Huan-xing,HE Yu-qin,LUO Mao-chun,LIN Zhan-xi. Cloning and bioinformatics analysis on nifH gene of endophytic nitrogen-fixing bacteria Klebsiella variicola GN02 isolated from Pennisetum giganteum[J]. Hubei Agricultural Sciences, 2020, 59(3): 147-153. DOI: 10.14088/j.cnki.issn0439-8114.2020.03.033 |
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| Authors: | LIN Biao-sheng ZHANG Huan-xing HE Yu-qin LUO Mao-chun LIN Zhan-xi |
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