| 基于R/qtl不同方法对玉米株高QTL定位结果的比较 |
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| 引用本文： | 胡文明,汤在祥,徐扬,邓张泽,徐辰武.基于R/qtl不同方法对玉米株高QTL定位结果的比较[J].江苏农业学报,2013(1):8-13. |
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| 作者姓名： | 胡文明 汤在祥 徐扬 邓张泽 徐辰武 |
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| 作者单位： | 扬州大学江苏省作物遗传生理重点实验室,教育部植物功能基因组学重点实验室;苏州大学医学部公共卫生学院 |
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| 基金项目： | 国家基础研究项目(2011CB100106);国家自然科学基因项目(30971846、31171187、31100882);江苏省高等学校自然科学研究重大项目(09KJA210002) |
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| 摘 要： | R/qtl是基于R语言的QTL分析专用作图软件。为了研究R/qtl不同作图方法在分析结果上的差异,采用1个玉米F2∶3家系的株高实际数据,分别按该软件提供的区间作图法(IM)、复合区间作图法(CIM)、二维扫描和多QTL拟合进行数据分析和结果比较。在株高性状上共定位到8个QTL,其中,IM法检测到7个,总共解释表型变异的54.57%,有3个QTL在4种算法中都能检测到,其位置、LOD值、置信区间以及贡献率估计4种算法分析结果基本一致。CIM法共检测到5个QTL,可解释总变异的27.66%,其中,位于第3染色体158 cM和222 cM的2个QTL在所有4种算法中都能检测到,第7染色体36 cM处的QTL首次被检测到,其余4个QTL与IM法检测到的相应QTL一致。二维QTL扫描共检测到7个QTL,累计贡献率达到54.97%,未检测到显著互作的QTL,除第6染色体33.5 cM处的QTL外,其他QTL与IM法检测到的一致。多QTL拟合只检测到3个QTL,累计贡献率为21.52%,也未检测到QTL间显著互作。以上分析结果表明:不同方法检测到的QTL无论在数量上还是在贡献率估计上均存在一定程度上的差异,但一些主要QTL在用不同方法分析中通常都能被发现。此外,本研究群体株高性状的遗传模式仅有主效应QTL,上位性QTL均未检测到。
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| 关 键 词： | R/qtl 区间作图 复合区间作图 二维扫描 多区间作图 |
Comparison of different methods for mapping QTL of maize plant height with R/qtl |
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| HU Wen-ming,TANG Zai-xiang,XU Yang,DENG Zhang-ze,XU Chen-wu.Comparison of different methods for mapping QTL of maize plant height with R/qtl[J].Jiangsu Journal of Agricultural Sciences,2013(1):8-13. |
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| Authors: | HU Wen-ming TANG Zai-xiang XU Yang DENG Zhang-ze XU Chen-wu |
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| Institution: | 1(1.Jiangsu Provincial Key Laboratory of Crop Genetics and Physiology/Key Laboratory of Plant Functional Genomics of Ministry of Education,Yangzhou University,Yangzhou 225009,China;2.School of Public Health,Medical College of Soochow University,Suzhou 215123,China) |
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