| 资阳香橙根cDNA全长文库的构建及EST分析 |
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| 引用本文： | 王金萍,宋二玲,姚利晓,李凤龙,何永睿,陈善春. 资阳香橙根cDNA全长文库的构建及EST分析[J]. 中国南方果树, 2011, 40(3) |
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| 作者姓名： | 王金萍 宋二玲 姚利晓 李凤龙 何永睿 陈善春 |
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| 作者单位： | 1. 西南大学园艺园林学院,重庆,400716;西南大学柑桔研究所;国家柑桔品种改良中心
2. 西南大学柑桔研究所;国家柑桔品种改良中心 |
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| 基金项目： | 教育部科学技术研究重点项目，柑桔学重庆市市级重点实验室开放基金计划项目 |
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| 摘 要： | 以资阳香橙根RNA为材料,采用SMART技术构建了cDNA全长文库,并对其质量进行鉴定.结果显示,该文库的库容量为4.8×105pfu/mL,重组率为93%,文库插入片段大小主要集中在0.5～1.0kb.从文库中随机挑取450个克隆进行5′端单向测序,去除载体序列及低质量的序列后,共获得有效长度大于150 bp的高质量ESTs(expressed sequence tags)序列438条,利用BioEdit软件对有效ESTs序列进行片段重叠群分析和拼接后,获得251个独立基因(Unigenes),其中包括87个片段重叠群(Contigs)和164个独立的ESTs(Singlets);通过与NCBI的非冗余核酸数据库进行tBLASTx比对,初步确定已知功能基因146个,未知功能基因91个,另有14个unigene未与数据库中序列匹配.该研究为进一步分离克隆资阳香橙根部功能基因奠定了基础.
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| 关 键 词： | cDNA文库 根 资阳香橙 表达序列标签 测序 |
Construction of a Full-length cDNA Library from Roots of Ziyang Xiangcheng(Citrus junos) and a Catalogue of the Expressed Sequence Tags in Roots |
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| WANG Jin-ping,SONG Er-ling,YAO Li-xiao,LI Feng-long,HE Yong-rui,CHEN Shan-chun. Construction of a Full-length cDNA Library from Roots of Ziyang Xiangcheng(Citrus junos) and a Catalogue of the Expressed Sequence Tags in Roots[J]. South China Fruits, 2011, 40(3) |
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| Authors: | WANG Jin-ping SONG Er-ling YAO Li-xiao LI Feng-long HE Yong-rui CHEN Shan-chun |
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| Affiliation: | WANG Jin-ping,SONG Er-ling,YAO Li-xiao,LI Feng-long,HE Yong-rui,CHEN Shan-chun(1 College of Horticulture & Landscape Architecture,Southwest University,Chongqing,400716,2 Citrus Research Institute,3 National Citrus Cultivar Improvement Center of China) |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | cDNA library root Citrus junos expressed sequence tag(EST) |
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