北京鸭腹部脂肪组织的转录组特征分析

鸭的基因组序列虽已释放，但其基因组信息，尤其是转录组信息仍需进一步开发。文章利用转录组测序分析了鸭的腹部脂肪组织转录组特征。共获得203 200 984个高质量测序数据，鉴定出18 464个基因表达（RPKM≥1），其中96.9%的基因RPKM值小于1 000。15 070个基因发生了可变剪切，剪切次数为35 913次。统计可变剪切类型发现，内含子保留所占比例最低，占所有可变剪切类型的1.17%，而第一外显子可变剪切、末端外显子可变剪切、外显子跳跃依次是3种比例最高的可变剪切类型，比例分别为45.92%， 43.67%和6.23%。此外，利用这批转录组数据共检测出229 276个SNPs，其中转换是最主要的突变类型，占所有SNPs的73.28%。对SNP所在基因进行功能注释(GO)发现，这些基因涉及细胞组分、分子功能、生物学过程3大功能类别中广泛的生物功能，表明该研究开发的SNPs较为全面；通路分析（KEGG）发现，SNPs所在基因除了富集于脂类、能量代谢相关通路，更多的基因则富集于癌症、免疫以及内分泌系统相关的通路上，表明脂肪组织除了是能量储备组织，同时也是重要的免疫、内分泌组织。这些数据拓展了鸭的遗传信息，建立的SNPs数据库将有助于鸭分子标记辅助育种及功能基因定位。与癌症、免疫相关的SNPs可为癌症及免疫学研究提供候选遗传标记。

Transcriptome analysis of abdominal fats from Peking ducks by RNA seq