| 南药青天葵转录组SSR位点信息分析 |
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| 引用本文： | 黄琼林,何瑞,詹若挺,陈蔚文.南药青天葵转录组SSR位点信息分析[J].北方园艺,2015(12):76-79. |
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| 作者姓名： | 黄琼林 何瑞 詹若挺 陈蔚文 |
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| 作者单位： | 1. 广东医学院,广东湛江,524023;2. 广州中医药大学中药资源科学与工程研究中心,教育部岭南中药资源重点实验室,广东广州510006 |
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| 基金项目： | 教育部留学回国人员科研启动资助项目(教外司留[2009]1001号)，广东医学院博士学位人员科研启动资助项目(B2013017). |
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| 摘 要： | 以青天葵全转录组测序获得的142 220条unigene为试材,采用MicroSAtellite(MISA)软件分析青天葵简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)的分布频率和重复基元的类型等特征,利用Primer 5.0对符合鉴定要求的SSR基元进行引物设计,并通过SSRFinder校验SSR引物,以期为青天葵遗传多样性分析、分子标记辅助育种、遗传图谱绘制等种质资源研究提供参考依据。结果表明:在青天葵转录组共检测到分布在5 223条unigene上的5 684个SSR位点,SSR发生频率为3.67%,分布密度为1/13kb。二核苷酸重复为青天葵SSR主要基元类型,其中AG/CT和AT/AT基序出现频率最高,占SSR总数的52.9%。设计筛选得到2 486条SSR引物。青天葵转录组SSR位点出现频率高、类型丰富、多态性潜能较高。
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| 关 键 词： | 青天葵 SSR 位点信息 转录组 |
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