| 基于RNA-seq数据大规模挖掘蜜蜂球囊菌的SSR分子标记 |
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| 引用本文： | 李汶东,熊翠玲,王鸿权,侯志贤,童新宇,张璐,付中民,郑燕珍,陈大福,郭睿.基于RNA-seq数据大规模挖掘蜜蜂球囊菌的SSR分子标记[J].福建农林大学学报(自然科学版),2017,46(4). |
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| 作者姓名： | 李汶东 熊翠玲 王鸿权 侯志贤 童新宇 张璐 付中民 郑燕珍 陈大福 郭睿 |
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| 作者单位： | 福建农林大学蜂学学院,福建 福州,350002 |
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| 基金项目： | 现代农业产业技术体系建设专项资金，福建农林大学科技发展资金，国家自然科学基金 |
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| 摘 要： | 基于已获得的球囊菌转录组数据预测微卫星标记(SSR),并进行SSR位点的信息分析和SSR引物的挖掘.利用软件MISA对球囊菌转录组中42610条unigenes进行搜索,共预测出7968个SSRs,分布于5233条unigenes中,其中最主要的重复类型为三核苷酸重复(53.15%),其次为二核苷酸重复(32.32%)和四核苷酸重复(8.46%).二核苷酸重复中的基序主要是AG/CT(占总量的15.8%).针对所有的SSR位点,利用Primer Premier 5软件设计出6956对SSR特异性引物,随机选取20对引物对两个不同来源的球囊菌样品进行SSR位点扩增,共有6对引物成功扩增出符合预期的目的片段.研究结果表明,利用球囊菌转录组数据开发SSR引物是可行的.
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| 关 键 词： | 蜜蜂球囊菌 微卫星标记 转录组 RNA-seq |
Large scale development of SSR molecular markers of Ascosphaera apis based on RNA-seq data |
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| LI Wendong,XIONG Cuiling,WANG Hongquan,HOU Zhixian,TONG Xinyu,ZHANG Lu,FU Zhongmin,ZHENG Yanzhen,CHEN Dafu,GUO Rui.Large scale development of SSR molecular markers of Ascosphaera apis based on RNA-seq data[J].Journal of Fujian Agricultural and Forestry University,2017,46(4). |
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| Authors: | LI Wendong XIONG Cuiling WANG Hongquan HOU Zhixian TONG Xinyu ZHANG Lu FU Zhongmin ZHENG Yanzhen CHEN Dafu GUO Rui |
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