基于转录组测序芒果抗细菌性角斑病SNP/In Del分析

旨在挖掘与芒果抗细菌性角斑病紧密联系的SNP/In Del位点，以进一步揭示芒果抗细菌性角斑病的遗传多样性和分子机理。试验材料为细菌性角斑病高抗品种‘热农1号’和高感品种‘凯特’，分别对两个品种接病菌后0 d、2 d、6 d的果皮进行转录组分析，以基因组‘红象牙’作为参考，鉴定并分析芒果中SNP/In Del位点的特征。结果表明，‘凯特’和‘热农1号’分别获得32.77 Gb和36.83 Gb的数据量，每个样本过滤后的Q30均高于90%。将reads比对到芒果参考基因组上，两个品种共检测到1 213 112个SNP位点，62 888个In Del位点，主要分布在内含子区、外显子区、基因间区和基因上下游区域。SNP中转换位点和颠换位点分别为751 006个（61.91%）和462 106个（38.09%），其中转换型中A->G略多，而A->T在颠换型中占多数；In Del位点插入和缺失分别每个样本平均有18 769和25 015个。生物信息学分析表明，全部的SNP和In Del位点所在的差异基因，主要参与分子功能有代谢途径、应答刺激和生物学调控等过程。