赤水乌骨鸡MC1R基因多态性及其生物信息学分析 |
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引用本文: | 祖盘玉,李维,林家栋,李洪林,简华峰,刘洋,牟腾慧,龙广丽,张福平.赤水乌骨鸡MC1R基因多态性及其生物信息学分析[J].湖南农业大学学报(自然科学版),2020,46(1):84-92. |
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作者姓名: | 祖盘玉 李维 林家栋 李洪林 简华峰 刘洋 牟腾慧 龙广丽 张福平 |
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作者单位: | 贵州大学动物科学学院,贵州 贵阳 550025;高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室,贵州 贵阳550025;贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室,贵州贵阳 550025;贵州大学科研鸡场,贵州贵阳 550025;贵州大学家禽研究所贵州贵阳 550025;贵州省畜禽遗传资源管理站,贵州贵阳 550001 |
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基金项目: | 贵州省科技计划项目(黔科合支撑[2016]2507、[2017]2533–1);贵州省科技计划项目(2019[2288]);贵州省生态家禽产业技术体系建设项目 |
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摘 要: | 采用DNA混池及PCR产物直接测序技术,对赤水乌骨鸡、泰和乌鸡、兴义白鸡、兴义白鸡F2代、贵州黄快羽鸡、贵州黄慢羽鸡、罗曼蛋鸡和瑶山鸡8个鸡种群MC1R基因外显子区域进行多态性分析。结果显示:瑶山鸡与红色原鸡序列一致,无SNPs,赤水乌骨鸡的4个SNPs分别为G23A(Arg→His)、C69T、T212C、G274A,泰和乌鸡的8个SNPs分别为C69T、T212C、G274A、T398C(Leu→Pro)、G636A、T637C、A644C(His→Pro)、C834T,贵州黄快、慢羽鸡和兴义白鸡均有3个SNPs,分别为A427G(Thr→Ala)、G636A、T637C,罗曼蛋鸡的4个SNPs分别为T398A(Leu→Gln)、G636A、T637C、C834T,兴义白鸡F2代的4个SNPs分别为C69T、T212C、G274A、A644C(His→Thr);生物信息学分析发现,除G274A、T398C、T398A、A644C位点的稳定性增加外,其余位点的稳定性均有所降低;除G274A、T398C、T637C、A644C位点的整体多样性有所下降外,其余位点的均有所增加;除泰和乌鸡MC1R基因编码蛋白为不稳定蛋白外,其余种群的均属于稳定蛋白,且包括泰和乌鸡在内的7个鸡群MC1R基因编码蛋白均为疏水性蛋白和非分泌蛋白;赤水乌骨鸡、泰和乌鸡、兴义白鸡、兴义白鸡F2代和罗曼蛋鸡的MC1R蛋白三级结构均由α–螺旋、β–转角、无规则卷曲组成。
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关 键 词: | 赤水乌骨鸡 泰和乌鸡 兴义白鸡 兴义白鸡F2代 贵州黄快羽鸡 贵州黄慢羽鸡 罗曼蛋鸡 瑶山鸡 MC1R基因 SNPs 羽色 胫色 生物信息学分析 |
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