桂花(Osmanthus fragrans)转录组SSR特征分析 |
| |
引用本文: | 孙陶泽,母洪娜,王良桂,李火根.桂花(Osmanthus fragrans)转录组SSR特征分析[J].分子植物育种,2019,17(7):2258-2263. |
| |
作者姓名: | 孙陶泽 母洪娜 王良桂 李火根 |
| |
作者单位: | 长江大学园艺园林学院,荆州,434025;南京林业大学风景园林学院,南京,210037 |
| |
基金项目: | 长江大学青年基金;湖北省高等学校优秀中青年科技创新团队项目 |
| |
摘 要: | 为解析桂花转录组数据中SSR的特点及潜在利用价值,本研究基于‘早银桂’和‘橙红丹桂’转录组数据信息,利用MISA软件从桂花的117 595个Unigenes中进行SSR位点的查找、分析,共检测到16 015个SSR位点,平均密度是1/5.2 kb。桂花SSR基序97.73%的重复次数在5~10次之间,重复次数最多的是6次(28.12%);SSR长度分布在12~36 bp之间,其中12~16 bp的最多,占66.8%,其总体变化趋势是随着重复次数增加重复次数急速下降。基于已知的SSR位点,利用primer3设计引物并从中挑选出196对引物,其中92对引物(占46.94%)已被注释到参与信号的转录翻译、苯丙氨酸代谢、植物激素信号转导等功能。综上所述‘,早银桂’和‘橙红丹桂’转录组SSR位点出现频率高,类型较丰富、多态性潜能较高,为今后桂花分子育种提供了理论依据。
|
关 键 词: | 桂花 转录组测序 EST-SSR |
本文献已被 维普 万方数据 等数据库收录! |
|