| 基于转录组金银花WRKY转录因子的挖掘与分析 |
| |
| 引用本文： | 陈亮,崔芬芬,王勇飞,曹亚萍,宋芸,乔永刚. 基于转录组金银花WRKY转录因子的挖掘与分析[J]. 分子植物育种, 2019, 17(6): 1780-1787 |
| |
| 作者姓名： | 陈亮 崔芬芬 王勇飞 曹亚萍 宋芸 乔永刚 |
| |
| 作者单位： | 山西农业大学生命科学学院,太谷,030801;山西农业大学生命科学学院,太谷,030801;山西农业大学生命科学学院,太谷,030801;山西农业大学生命科学学院,太谷,030801;山西农业大学生命科学学院,太谷,030801;山西农业大学生命科学学院,太谷,030801 |
| |
| 基金项目： | 山西省科技攻关项目;山西省高等学校教学改革项目 |
| |
| 摘 要： | WRKY转录因子是植物抗逆应答过程中最为常见的蛋白家族。为了挖掘金银花抗寒相关的WRKY基因,本研究基于已有的转录组数据,利用植物转录因子数据库和BioEdit对WRKY进行筛选及保守结构域分析,对筛选出的WRKY转录因子利用ExPASy进行理化性质分析,利用PSORT进行亚细胞定位预测,NetPhos进行磷酸化位点分析并且利用MEME数据库对WRKY基因的氨基酸进行序列分析,运用MEGA软件对筛选的金银花WRKY转录因子基因和21个已知抗寒的WRKY基因进行序列同源比对,并构建系统进化树。结果表明:金银花中筛选的30个WRKY基因的蛋白为85～721个氨基酸,理论等电点的范围为4.85到9.76。所有LjWRKY基因编码的蛋白中只有LjWRKY6为稳定蛋白,其余均属于不稳定蛋白,所有蛋白均属于亲水性蛋白。亚细胞定位预测结果,LjWRKY所有蛋白定位于细胞核。除LjWRKY23不具有Try磷酸化位点,其它所有氨基酸均具有Ser、Thr和Try磷酸化位点。LjWRKY蛋白比较保守,WRKYGQK没有发生任何变异,且包含三类WRKY转录因子。系统进化树发现,有12个WRKY基因与已知抗寒基因有同源性,推测其参与了金银花低温逆境下的反应。研究结果可以通过筛选的WRKY基因,进行进一步的转基因验证,进而为植物抗寒分子育种提供分子基础。
|
| 关 键 词： | 金银花 WRKY 序列分析 系统发育 |
Mining and Analysis of WRKY Transcription Factors in Transcriptome-based Lonicera japonica |
| |
| Chen Liang,Cui Fenfen,Wang Yongfei,Cao Yaping,Song Yun,Qiao Yonggang. Mining and Analysis of WRKY Transcription Factors in Transcriptome-based Lonicera japonica[J]. Molecular Plant Breeding, 2019, 17(6): 1780-1787 |
| |
| Authors: | Chen Liang Cui Fenfen Wang Yongfei Cao Yaping Song Yun Qiao Yonggang |
| |
| Affiliation: | (College of Life Sciences,Shanxi Agricultural University,Taigu,030801) |
| |
| Abstract: | Chen Liang;Cui Fenfen;Wang Yongfei;Cao Yaping;Song Yun;Qiao Yonggang(College of Life Sciences,Shanxi Agricultural University,Taigu,030801) |
| |
| Keywords: | Lonicera japonica WRKY Sequence analysis Phylogeny |
| 本文献已被 维普 万方数据 等数据库收录！ |
|
