| 基于SNP芯片分析安庆六白猪群体遗传结构 |
| |
| 引用本文： | 时坤鹏,刘莹,张志勇,吴睿,丁月云,张晓东,郑先瑞,殷宗俊.基于SNP芯片分析安庆六白猪群体遗传结构[J].中国畜牧杂志,2022(8):136-140. |
| |
| 作者姓名： | 时坤鹏 刘莹 张志勇 吴睿 丁月云 张晓东 郑先瑞 殷宗俊 |
| |
| 作者单位： | 1. 安徽农业大学动物科技学院;2. 望江县现代良种养殖有限公司 |
| |
| 基金项目： | 安徽省科技重大专项（202103a06020013）；;国家自然基金（31972531）； |
| |
| 摘 要： | 为了更好地保护和利用安庆六白猪这一优良种质资源，本实验使用“中芯一号”（Illumina CAUPorince50KSNP）芯片对118头健康成年安庆六白猪个体进行了SNP分型，其中包括18头公畜，100头母畜，平均检出率达98.86%。首先通过Plink(V1.90)与R语言软件对该群体进行主成分分析，发现18头公畜大致形成4个群落，100头母畜随机分布。其次，利用Gmatrix(V2)与R语言软件进行基于G矩阵的基因组亲缘关系分析。118头安庆六白猪群体中个体间平均IBS遗传距离值为0.276 9±0.041 7，公猪个体间平均遗传距离值为0.273 8±0.042 0。通过对群体中每个个体的ROH统计，共检测出3 847个ROH片段，平均每个个体中大约有33个ROH片段且ROH总长度约为255.19 Mb，群体的平均近交系数值为0.107，证明该群体近交积累较多。最后使用邻接（Neighbor-Joining, NJ）法并且基于G矩阵结果对该群体进行了家系划分，将18个公畜样本划分为5个家系。通过上述多种分析发现该群体内个体间有一定的近交趋势，所以之后在针对该群体的育种与保种上尽...
|
| 关 键 词： | 安庆六白猪 遗传结构 亲缘关系 近交系数 |
|
|
