猪50K液相芯片基因组选择效果分析

本研究收集了1 267头大白猪的生长性能测定记录和800头大白猪的繁殖记录，并用猪50K固相芯片（Geneseek）及基于靶向捕获测序技术的猪50K液相芯片（液相50K）进行基因型分型，比较2款芯片基因组选择的准确性。采用一步法模型，估计达百公斤体重日龄、百公斤活体背膘厚和总产仔数3个性状的基因组育种值。本研究探究不同参考群体规模对基因组选择的影响，生长性状设置500和1 000 2个参考群体规模，繁殖性状设置400和700 2个参考群体规模。结果表明，液相50K与Geneseek芯片具有很好的兼容性，液相50K在2个生长性状的基因组选择准确性比Geneseek平均高出1.7%，对总产仔数的基因组选择准确性略高于Geneseek，但提升幅度较小。2款芯片的并集使标记数增加到62 039个SNP，基因组选择准确性比单款芯片平均提升2.9%。无论是单款芯片还是2款芯片并集，随着参考群体规模扩大，基因组选择准确性明显上升。本研究表明液相芯片技术能够用于基因组选择且有优势，研究结果可为我国猪分子育种提供参考。