副猪嗜血杆菌OMP2基因的克隆及蛋白结构预测 |
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作者姓名: | 刘建 汤德元 罗险峰 曾智勇 李春燕 甘振磊 王凤 郝飞 王洪光 |
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作者单位: | 1. 贵州大学动物科学学院,贵州贵阳,550025 2. 贵州省动物疫病预防控制中心,贵州贵阳,550008 |
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基金项目: | 贵州省2011年农业攻关项目资助,贵州省2010年农业科技攻关项目 |
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摘 要: | 根据GenBank上发表的副猪嗜血杆菌(HPS)全基因组序列中的外膜蛋白OMP2基因的核苷酸序列,利用Premier Primer5.0和Oligo6.0软件设计1对特异性引物,对从贵州省分离的HPS的OMP2基因进行扩增、克隆、测序和生物信息学分析。测序结果比表明,扩增的HPS分离菌株目的基因长度为1092bp,共编码363个氨基酸,与GenBank上公布的SH0165株(NC011852)中对应的核苷酸序列同源性为99.8%,氨基酸同源性100%。生物信息学分析结果表明,OMP2外膜蛋白的分子质量为39087.45Daltons,理论等电点pI为9.21,不稳定系数为16.73,推测其为稳定性蛋白;脂肪指数为70.63,总体平均亲水性为-0.494,推测该蛋白是一种亲水性蛋白;该蛋白含有α-螺旋、β-折叠、β-转角和无规则卷曲,柔性区域较多,呈散在分布,有8个主要的抗原表位;OMP2外膜蛋白序列最前端的19个N-末端氨基酸残基为信号肽序列,最佳切割位点在19~20个氨基酸,且信号肽区域主要为疏水性氨基酸;该蛋白无跨膜区;预测OMP2外膜蛋白可能含有4个N-糖基化位点、1个cAMP和cGMP依赖性蛋白激酶磷酸化位点、8个蛋白激酶C磷酸化位点、7个酪蛋白激酶II磷酸化位点、1个酪氨酸激酶磷酸化位点、9个N-肉豆蔻酰化位点。
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关 键 词: | 副猪嗜血杆菌 OMP2基因 克隆 生物信息学分析 |
收稿时间: | 2012-10-30 |
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