| 猪流行性腹泻病毒山西分离株全基因组序列分析 |
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| 引用本文： | 刘文俊,樊振华,王娟萍,姚敬明,吴忻,孟帆,韩一超,薛翼鹏,米瑞娟,李红丽,赵岳.猪流行性腹泻病毒山西分离株全基因组序列分析[J].动物医学进展,2017,38(6). |
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| 作者姓名： | 刘文俊 樊振华 王娟萍 姚敬明 吴忻 孟帆 韩一超 薛翼鹏 米瑞娟 李红丽 赵岳 |
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| 作者单位： | 山西省农业科学院畜牧兽医研究所,山西太原,030032 |
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| 基金项目： | 山西省科技攻关项目，山西省科技攻关项目 |
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| 摘 要： | 用RT-PCR扩增分离的一株PEDV CH-SXCH11-2015的全基因组序列,测序拼接后,进行了序列分析。CH-SXCH11-2015全长28 038bp比CV777长5bp,与BJ-2011-1同源性最高,为98.9%;与LZC、SM98同源性最低,为96.6%。S基因全长均为4 161bp,突变主要发生在S1区,同源性分析表明,CH-SXCH11-2015核苷酸同源性与BJ-2011-1和CH/ZJJS-Z/2012的最高为98.9%,与SM98同源性最低为93.6%,与CV777、CV777vaccine同源性分别为94.2%和93.8%。CH-SXCH11-2015S基因氨基酸同源性与CH/ZJJS-Z/2012的最高为98.3%,与CV777vaccine、SQ2012同源性最低为91.8%,与CV777的同源性为92.9%。ORF3基因全长均为675bp,无核苷酸插入和缺失,同源性分析表明,CH-SXCH11-2015的ORF3基因与CH/HBQX/10核苷酸同源性最高,为99.3%,与CV777truncated核苷酸同源性最低,为90.6%。CH-SXCH11-2015的ORF3基因推导的氨基酸与(CH/HBQX/10、CH/S、CH/SHH/06、CH/TJ-2012、CH/ZKXH/11、CPF299、GZGY-10、PFF188、PFF285)同源性最高,为98.7%;与CV777truncated毒株最低,为88%。CH-SXCH11-2015的ORF3基因与CV777、attenuated DR13的核苷酸同源性分别为96.6%和97.6%,氨基酸同源性分别为95.1%和97.1%。遗传进化分析表明,CH-SXCH11-2015全基因组、S基因、ORF3基因与2010年以后我国分离的毒株亲缘关系较近,与CV777、2个疫苗株(attenuated DR13、CV777vaccine)的亲缘关系较远。
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| 关 键 词： | 猪流行性腹泻病毒 全基因组序列 序列分析 |
Analysis of Complete Genome Sequence of Porcine Epidemic Diarrhea Virus CH-SXCH11-2015 |
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| LIU Wen-jun,FAN Zhen-hua,WANG Juan-ping,YAO Jing-ming,WU Xin,MENG Fan,HAN Yi-chao,XUE Yi-peng,MI Rui-juan,LI Hong-li,ZHAO Yue.Analysis of Complete Genome Sequence of Porcine Epidemic Diarrhea Virus CH-SXCH11-2015[J].Progress In Veterinary Medicine,2017,38(6). |
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| Authors: | LIU Wen-jun FAN Zhen-hua WANG Juan-ping YAO Jing-ming WU Xin MENG Fan HAN Yi-chao XUE Yi-peng MI Rui-juan LI Hong-li ZHAO Yue |
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