利用实时荧光定量PCR特异检测多环芳烃污染土壤中的外源降解菌

生物强化法修复有机污染土壤过程中,外源降解菌的丰度直接关系着修复效果,有必要开发出特定外源降解菌在土壤中的数量检测方法。针对多环芳烃降解菌PPZ-1,基于基因组测序结果,筛选可能的特异基因序列,设计对应引物。比对各组引物对菌株及污染土壤样品DNA的PCR扩增产物,确定适于实时荧光定量PCR检测的特异性基因序列和引物。以含有特异性基因序列的重组质粒为标准品,确定实时荧光定量PCR反应试验条件,建立标准曲线。将该方法应用于投加了菌株PPZ-1的多环芳烃污染土壤,验证其可行性。结果表明,所筛选的特异性引物在菌株中可以扩增出条带,在土壤样品相同位置无明显条带,具有较好的特异性。实时荧光定量PCR反应标准曲线相关系数为0.999 9,斜率为-3.365,扩增效率为98.233%,熔点曲线无杂峰。对投加了外源降解菌PPZ-1的多环芳烃污染土壤进行绝对定量检测,检测数值与理论值数量级相同,该检测方法能较准确地反映土壤中PPZ-1的数量。