狐狸PMEL基因密码子使用特性分析

前黑素小体蛋白(PMEL)对狐狸毛色中黑色素的合成和沉积过程有重要的调控作用。利用Codon W软件和系统聚类分析法等分析狐狸及14种哺乳动物PMEL基因的密码子偏性,为研究PMEL基因蛋白质表达机制提供理论依据。结果表明,狐狸PMEL基因偏好使用的密码子有34个,以G/C结尾密码子的同义密码子相对使用度明显偏高。该基因编码亮氨酸、缬氨酸的2个最优密码子分别为CTG、GTG。狐狸PMEL基因在密码子偏好的使用上与家猫、猎豹相似,但与同源性极高的家犬不同。基于同义密码子相对使用度的系统聚类分析结果表明,家猫和狐狸均为一类,在密码子使用上最为相似。为研究PMEL基因的表达机制及目的蛋白表达水平的提高提供了理论依据。