| 大白菜LOG基因家族的鉴定与生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 霍如雪,孙琳,刘振宁.大白菜LOG基因家族的鉴定与生物信息学分析[J].北方园艺,2018(4):18-26. |
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| 作者姓名： | 霍如雪 孙琳 刘振宁 |
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| 作者单位： | 临沂大学农林科学学院,山东临沂,256000;临沂大学农林科学学院,山东临沂256000;浙江大学农业与生物技术学院,浙江杭州310058 |
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| 基金项目： | 山东省自然科学基金资助项目，国家自然科学基金资助项目 |
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| 摘 要： | LOG基因编码5′-核糖单磷酸水解酶,将细胞分裂素的前体物质直接转化成具有生理活性的细胞分裂素,在细胞分裂素合成途径中具有重要作用。为深入研究大白菜LOG基因家族的功能,利用生物信息学方法对大白菜基因组中LOG基因家族成员进行了鉴定,并对其基因组信息、蛋白质生理生化特征、基因结构、保守结构域、系统进化等方面进行了研究。结果表明:在大白菜基因组中共鉴定出17个LOG基因,可以聚类到7个分支A~G中;LOG基因在大白菜10条染色体上呈现不均匀分布,在第2和4号染色体上分布相对较多;对大白菜LOG蛋白氨基酸序列进行了多重比对,比对结果表明LOG蛋白的氨基酸中均具有一致序列为MHxRKAxMx(5)FxALPGGYGTxxEE的LOG蛋白特异的LDC motif;通过MEME软件对大白菜LOG蛋白motif的预测发现了8个比较保守的motif。研究结果为大白菜LOG基因功能的研究奠定了基础。
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| 关 键 词： | 大白菜 LOG基因家族 生物信息学 |
Identification and Bioinformatics Analysis of LOG Gene Family in Chinese Cabbage |
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| HUO Ruxue,SUN Lin,LIU Zhenning.Identification and Bioinformatics Analysis of LOG Gene Family in Chinese Cabbage[J].Northern Horticulture,2018(4):18-26. |
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| Authors: | HUO Ruxue SUN Lin LIU Zhenning |
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