| 基于RNA-seq数据鉴定苏姜猪肉质性状相关基因 |
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| 引用本文： | 徐盼,何鑫鑫,倪黎纲,唐子雪,杨持,朱淑斌,季鸿鸣,周春宝. 基于RNA-seq数据鉴定苏姜猪肉质性状相关基因[J]. 中国畜牧兽医, 2019, 46(10): 2813-2822. DOI: 10.16431/j.cnki.1671-7236.2019.10.001 |
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| 作者姓名： | 徐盼 何鑫鑫 倪黎纲 唐子雪 杨持 朱淑斌 季鸿鸣 周春宝 |
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| 作者单位： | 1. 江苏农牧科技职业学院, 泰州 225300;2. 江苏苏姜种猪有限公司, 泰兴 225411 |
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| 基金项目： | 江苏省科协青年科技人才托举工程（201898）；江苏省大学生创新创业训练计划项目（201812806005Y、201812806037H）；江苏省高职院校青年教师企业实践培训项目（2018QYSJ038）；江苏农牧科技职业学院自然科学基金（NSF200701、NSFPT201802） |
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| 摘 要： | 试验通过对苏姜猪背最长肌和腿肌进行转录组分析，旨在挖掘影响苏姜猪肌肉肉质性状的候选基因。选取90和180日龄苏姜猪各3头，利用RNA-seq技术对90日龄苏姜猪背最长肌、180日龄苏姜猪背最长肌和腿肌进行测序，对差异表达基因进行GO功能和KEGG Pathway显著性富集分析。结果显示，180日龄苏姜猪背最长肌和90日龄苏姜猪背最长肌中有1 655个基因差异表达，其中474个基因表达上调，1 181个基因表达下调，GO功能和KEGG Pathway显著性富集分析发现，474个表达上调基因主要参与肌肉纤维、转录调节、钙信号通路、MAPK信号通路、胰岛素信号通路、FOXO信号通路等生物学功能，1 181个表达下调基因主要参与免疫、造血、溶酶体、绑定、酶活性等生物学功能；180日龄苏姜猪背最长肌和腿肌中有383个基因差异表达，其中70个基因表达上调，313个基因表达下调，GO功能和KEGG Pathway显著性富集分析发现，70个表达上调基因未能显著富集，313个表达下调基因主要参与细胞分化增殖、肌肉发育、细胞外基质、cGMP-PKG信号通路等生物学功能。本试验获得了苏姜猪背最长肌和腿肌组织的转录组信息，筛选出6个与苏姜猪肉质性状相关的候选基因：FOXO1、FOXO3、FOXO4、MYF6、A-FABP和H-FABP，为深入研究苏姜猪肉质性状的分子机理奠定基础。
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| 关 键 词： | RNA-seq 苏姜猪 肉质性状 背最长肌 腿肌 候选基因 |
| 收稿时间： | 2019-02-13 |
Identification of Meat Quality Traits Related Genes in Sujiang Pig Based on RNA-seq Data |
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| XU Pan,HE Xinxin,NI Ligang,TANG Zixue,YANG Chi,ZHU Shubin,JI Hongming,ZHOU Chunbao. Identification of Meat Quality Traits Related Genes in Sujiang Pig Based on RNA-seq Data[J]. China Animal Husbandry & Veterinary Medicine, 2019, 46(10): 2813-2822. DOI: 10.16431/j.cnki.1671-7236.2019.10.001 |
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| Authors: | XU Pan HE Xinxin NI Ligang TANG Zixue YANG Chi ZHU Shubin JI Hongming ZHOU Chunbao |
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| Affiliation: | 1. Jiangsu Agri-animal Husbandry Vocational College, Taizhou 225300, China;2. Jiangsu Sujiang Breeding Pig Co., Ltd., Taixing 225411, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | RNA-seq Sujiang pig meat quality longissimus dorsi muscle leg muscle candidate gene |
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