| 基于黄麻转录组序列SNP位点的CAPS标记开发与验证 |
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| 引用本文： | 陶爱芬,游梓翊,徐建堂,林荔辉,张立武,祁建民,方平平. 基于黄麻转录组序列SNP位点的CAPS标记开发与验证[J]. 作物学报, 2020, 46(7): 987-996. DOI: 10.3724/SP.J.1006.2020.94158 |
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| 作者姓名： | 陶爱芬 游梓翊 徐建堂 林荔辉 张立武 祁建民 方平平 |
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| 作者单位： | 1. 福建农林大学釐山学院;2. 福建农林大学教育部作物遗传育种与综合利用重点实验室/福建省分子设计育种实验室 |
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| 基金项目： | China Agriculture Research System(CARS-19-E06) |
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| 摘 要： | 黄麻CAPS分子标记的开发,可以为黄麻遗传多样性分析、种质资源鉴定和分子标记辅助选择等研究提供有效方法。本试验以黄麻179和爱店野生种为材料,采用IlluminaHiSeq4000测序技术进行转录组测序,对其SNP位点进行分析,设计了与木质素合成基因4CL、COMT及转录因子MYB相兲的SNP引物,在此基础上,应用dCAPS Finder2.0软件开发了CAPS标记,幵对其有效性进行了验证。结果表明:(1)组装后的黄麻unigene序列共72,674条,序列总长度为29,705,997 bp,检测到的SNP位点总数为67,567个,平均每440 bp有1个SNP。(2)获得了39对分别与4CL、COMT和MYB相兲的SNP引物,从中筛选获得26对CAPS标记引物,开发成功率为66.7%,其中11对CAPS标记具有多态性,多态性比例为43.2%。(3)开发的CAPS标记能较好地将12份不同类型的黄麻种质区分开来,表明CAPS是适用于黄麻研究的较理想的分子标记方法,为黄麻遗传基础研究提供了可靠工具。
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| 关 键 词： | 黄麻 转录组 SNP位点 CAPS标记 开发 |
| 收稿时间： | 2019-10-23 |
Development and verification of CAPS markers based on SNPs from transcriptome of jute (Corchorus L.) |
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| TAO Ai-Fen,YOU Zi-Yi,XU Jian-Tang,LIN Li-Hui,ZHANG Li-Wu,QI Jian-Min,FANG Ping-Ping. Development and verification of CAPS markers based on SNPs from transcriptome of jute (Corchorus L.)[J]. Acta Agronomica Sinica, 2020, 46(7): 987-996. DOI: 10.3724/SP.J.1006.2020.94158 |
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| Authors: | TAO Ai-Fen YOU Zi-Yi XU Jian-Tang LIN Li-Hui ZHANG Li-Wu QI Jian-Min FANG Ping-Ping |
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| Affiliation: | 1. Jinshan College, Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou 350002, Fujian, China;2. Key Laboratory of Ministry of Education for Genetics, Breeding and Multiple Utilization of Crops / Key Laboratory of Crops by Design, Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou 350002, Fujian, China |
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