| 大白猪MYOD1、AKT3基因启动子区多态性及生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 王飞,宗秋芳,慕京生,吴圣龙,包文斌. 大白猪MYOD1、AKT3基因启动子区多态性及生物信息学分析[J]. 中国畜牧兽医, 2019, 46(12): 3486-3494. DOI: 10.16431/j.cnki.1671-7236.2019.12.004 |
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| 作者姓名： | 王飞 宗秋芳 慕京生 吴圣龙 包文斌 |
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| 作者单位： | 1. 扬州大学动物科学与技术学院, 扬州 225000;2. 蒙城县京徽蒙农业科技发展有限公司, 蒙城 233500 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金（31772560）；江苏省农业科技自主创新资金项目（CX（16）1003）；江苏现代农业产业技术体系建设专项资金（JATS[2018]307） |
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| 摘 要： | 为探究MYOD1和AKT3基因启动子区的多态性及其可能存在的影响基因表达的分子调控机制，试验采用PCR直接测序的方法对大白猪MYOD1和AKT3基因启动子区的多态性进行检测，同时利用生物信息学分析方法预测了大白猪MYOD1和AKT3基因的核心启动子区、CpG岛和转录因子结合域。结果显示，MYOD1基因共预测到5个核心启动子区、1个CpG岛区域和10个转录因子结合域，且第5个核心启动子区位于CpG岛区域内；AKT3基因共预测到6个核心启动子区，未发现CpG岛的存在。通过直接测序的方法检测到MYOD1基因在G-361T处存在1个SNP突变，但在本试验群体中只发现1种基因型，同时该突变位点位于第1个核心启动子区内；AKT3基因在启动子区T-1709C处存在1个SNP突变，包括TT、TC和CC 3种基因型，其中TT基因型为优势基因型，T为优势等位基因。遗传多态性分析提示，该突变位点多态信息含量（PIC）介于0.25~0.5之间，表现为中度多态。本研究初步探究了大白猪MYOD1和AKT3基因启动子区的多态性并预测了启动子区可能的调控因子和调控元件，为进一步研究MYOD1、AKT3基因对肌肉生长发育的调控机制及将突变位点作为遗传标记用于分子选育提供指导和依据。
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| 关 键 词： | 猪 MYOD1基因 AKT3基因 启动子 多态性 生物信息学 |
| 收稿时间： | 2019-03-29 |
Polymorphism and Bioinformatics Analysis of Promoter Regions of MYOD1 and AKT3 Genes in Large White Pigs |
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| WANG Fei,ZONG Qiufang,MU Jingsheng,WU Shenglong,BAO Wenbin. Polymorphism and Bioinformatics Analysis of Promoter Regions of MYOD1 and AKT3 Genes in Large White Pigs[J]. China Animal Husbandry & Veterinary Medicine, 2019, 46(12): 3486-3494. DOI: 10.16431/j.cnki.1671-7236.2019.12.004 |
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| Authors: | WANG Fei ZONG Qiufang MU Jingsheng WU Shenglong BAO Wenbin |
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| Affiliation: | 1. College of Animal Science and Technology, Yangzhou University, Yangzhou 225000, China;2. Mengcheng County Jinghui Meng Agricultural Technology Co., Ltd., Mengcheng 233500, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | pig MYOD1 gene AKT3 gene promoter polymorphism bioinformatics analysis |
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