| 苏博美利奴羊毛囊发育相关lncRNA与mRNA共表达网络的构建 |
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| 引用本文： | 陈华峰,田可川,黄锡霞,阿布来提·苏来曼,何军敏,田月珍,徐新明,付雪峰,赵冰茹,朱桦,哈尼克孜·吐拉甫.苏博美利奴羊毛囊发育相关lncRNA与mRNA共表达网络的构建[J].中国农业科学,2019,52(19):3471-3484. |
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| 作者姓名： | 陈华峰 田可川 黄锡霞 阿布来提·苏来曼 何军敏 田月珍 徐新明 付雪峰 赵冰茹 朱桦 哈尼克孜·吐拉甫 |
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| 作者单位： | 1 新疆农业大学动物科学学院,乌鲁木齐 8300522 新疆畜牧科学院畜牧研究所,乌鲁木齐 8300113 甘肃农业大学动物科学技术学院,兰州 7300704 中国农业大学动物科技学院,北京 100083 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金(31460593);国家自然科学基金(31360543);国家现代农业产业技术体系建设项目(CARS-40);新疆绒毛用羊遗传育种与繁殖自治区重点实验室项目(XJYS1105);新疆农业大学研究生科研创新项目(XJAUGRI-2017013) |
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| 摘 要： | 【目的】 随着高通量测序技术的发展和完善,海量的转录组测序数据随之涌现,基因网络的方法也越来越多被用于研究中;细毛羊毛囊发育受多个基因及lncRNA共同调控,单独研究某一分子并不足以发现其调控机制,本研究旨在构建毛囊发育相关lncRNA和mRNA的共表达网络,挖掘细毛羊毛囊发育的潜在候选基因。【方法】 以苏博美利奴羊胎龄65 d（D65）、85 d（D85）、105 d（D105）、135 d（D135）的胎儿以及出生后7 d（A7）、30 d（A30）的羔羊肩胛部皮肤组织,每个时期有3个生物学重复,共18个样本,进行转录组测序以获得6个不同发育时期的lncRNA与mRNA表达谱数据,筛选出相邻时期的差异表达lncRNA与mRNA,运用加权基因共表达网络分析（weighted gene co-expression network analysis,WGCNA）方法构建共表达模块,使用DAVID在线工具进行GO（gene ontology）和 KEGG pathway富集分析以找到与毛囊发育相关的模块,最后从目标模块筛选高连通度的lncRNA与mRNA使用Cytoscape软件进行网络可视化。【结果】 从表达谱数据中筛选得到9 070个差异表达的lncRNA与mRNA,运用WGCNA方法得到11个模块,使用DAVID富集分析发现honeydew1、paleturquoise、skyblue2模块中的基因富集在皮肤发育、毛囊发育、毛囊形态发生、Wnt信号通路负调控、细胞粘附等生物过程,以及Wnt信号通路、TGF-β信号通路、Hedgehog信号通路、紧密连接、MAPK信号通路、ECM-受体相互作用等毛囊发育相关的信号通路,并筛选这3个模块中连通度高的lncRNA和mRNA构建了子网络,得到包括TGFB2、CTSB、SFN、SPINT1、FAM83G、GSDMA、MPZL3、VIM、CRABP1在内的毛囊发育相关基因,预测出ENSOART00000029117、TCONS_00489976、TCONS_00376759等24个lncRNA的可能靶基因。【结论】 首次运用WGCNA方法构建了苏博美利奴羊毛囊发育相关lncRNA与mRNA的共表达网络,鉴别出3个毛囊发育相关的共表达模块,发现多个与毛囊发育相关的潜在候选基因,并预测出24个lncRNA可能的靶基因。
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| 关 键 词： | 苏博美利奴羊 WGCNA mRNA lncRNA 毛囊发育 |
| 收稿时间： | 2018-12-19 |
Construction of Co-expression Network of lncRNA and mRNA Related to Hair Follicle Development of Subo Merino Sheep |
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| CHEN HuaFeng,TIAN KeChuan,HUANG XiXia,Ablat Sulayman,HE JunMin,TIAN YueZhen,XU XinMing,FU XueFeng,ZHAO BingRu,ZHU Hua,Hanikezi Tulafu.Construction of Co-expression Network of lncRNA and mRNA Related to Hair Follicle Development of Subo Merino Sheep[J].Scientia Agricultura Sinica,2019,52(19):3471-3484. |
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| Authors: | CHEN HuaFeng TIAN KeChuan HUANG XiXia Ablat Sulayman HE JunMin TIAN YueZhen XU XinMing FU XueFeng ZHAO BingRu ZHU Hua Hanikezi Tulafu |
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| Institution: | 1 College of Animal Science, Xinjiang Agricultural University, Urumqi 8300522 Institute of Animal Science, Xinjiang Academy of Animal Science, Urumqi 8300113 College of Animal Science and Technology, Gansu Agricultural University, Lanzhou 7300704 College of Animal Science and Technology, China Agricultural University, Beijing 100083 |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Subo Merino sheep WGCNA mRNA lncRNA hair follicle development |
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