| 谷子光敏色素家族基因的生物信息学及表达模式分析 |
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| 引用本文： | 申慧敏,吴年隆,王亚敏,王兴春.谷子光敏色素家族基因的生物信息学及表达模式分析[J].山西农业科学,2022,50(1):1-8. |
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| 作者姓名： | 申慧敏 吴年隆 王亚敏 王兴春 |
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| 作者单位： | 山西农业大学生命科学学院,山西太谷030801;山西农业大学基础部,山西太谷030801 |
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| 摘 要： | 光敏色素(PHY)是植物体重要的光感受器,在光形态建成中发挥重要作用.为挖掘新型模式植物谷子的光敏色素基因,通过BLAST从xiaomi基因组中共鉴定出4个SiPHYs,命名为SiPHY-1、SiPHY-2、SiPHY-3、SiPHY-4.利用生物信息学方法对SiPHYs的基因结构、理化性质、系统进化、启动子顺式作用元件和不同时期不同组织的表达谱进行分析,并采用RT-qPCR分析6个品种(系)在不同光周期下SiPHYs差异表达.结果表明,4个SiPHYs分布在8号和9号染色体上,除SiPHY-2外其余3个成员均为酸性亲水性蛋白;系统进化显示,SiPHY-1和SiPHY-2为PHYA亚族,SiPHY-3为PHYB亚族,SiPHY-4为PHYC亚族,且SiPHYs与狗尾草SvPHYs、玉米Zm-PHYs、高粱SbPHYs的亲缘关系近,与拟南芥AtPHYs亲缘关系较远;SiPHYs的顺式作用元件中光响应元件占比最多.表达谱分析结果显示,SiPHY-1可能与谷子的种子萌发有关,SiPHY-3可能与谷子形态建成有关,SiPHY-4可以调控谷子的抽穗开花期;进一步对6个品种(系)不同光周期下的差异表达显示,SiPHY-1在晋谷21和大同红谷中差异显著,SiPHY-3在大同红谷中差异显著,SiPHY-4在晋谷21、xiaomi、黄粟和xiaomi4中差异显著,而Si-PHY-2在不同光周期和不同材料中表达量均很低或不表达,说明SiPHY表达量受光周期和基因型的影响.
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| 关 键 词： | 谷子 光敏色素 生物信息学方法 光周期 基因表达 |
Bioinformatics and Expression Patterns Analysis of Phytochrome Family Gene in Foxtail Millet |
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| SHEN Huimin,WU Nianlong,WANG Yamin,WANG Xingchun.Bioinformatics and Expression Patterns Analysis of Phytochrome Family Gene in Foxtail Millet[J].Journal of Shanxi Agricultural Sciences,2022,50(1):1-8. |
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| Authors: | SHEN Huimin WU Nianlong WANG Yamin WANG Xingchun |
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