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小麦近等基因系幼穗二棱期转录组分析
引用本文:李文静,赵新颖,纪萌琦,郭 鑫,郭 红,邓志英,田纪春.小麦近等基因系幼穗二棱期转录组分析[J].麦类作物学报,2019(1):18-28.
作者姓名:李文静  赵新颖  纪萌琦  郭 鑫  郭 红  邓志英  田纪春
作者单位:山东农业大学农学院/作物生物学国家重点实验室/小麦品质育种研究室/山东小麦玉米周年高产高效生产协同创新中心
基金项目:山东省重点研发计划项目(2017GNC10102);国家自然科学基金项目(31301315); 山东省高等学校科技计划项目(J17KA148)
摘    要:抽穗期是与小麦适应性直接相关的一个很重要的性状,直接或间接影响小麦的产量和抗性。为明确控制抽穗期的关键表达基因,以抽穗期分别为196d和184d的小麦近等基因系Y57和96-2为材料,对其二棱期幼穗分别构建转录组测序文库,利用Illumina HiSeq 2500平台进行RNA-seq测序;将获得的clean read与中国春参考序列比对,得到unique read,采用FPKM法计算基因表达量,对差异表达基因进行功能注释、GO和COG功能分类以及KEGG通路分析。结果表明,供试材料经过测序获得质量不低于30的碱基比例(Q30)均高于85.5%;Y57和96-2分别有60 246 194和60 963 580条clean read,其中63.11%和69.51%能与参考基因组序列匹配。共筛选到395个差异表达基因,有382个基因得到功能注释;有298个基因获得GO功能注释,主要涉及细胞组分、结合、细胞反应和代谢过程;COG注释的基因主要涉及一般功能、信号转导机制和转录;KEGG功能注释分析发现,显著富集在光合作用-天线蛋白通路上的基因均上调表达。编码丝氨酸/苏氨酸蛋白磷酸酶2A的基因在Y57中几乎不表达,而在96-2中表达量较高。进一步分析发现,多个与生长发育、抽穗开花相关的转录因子在两个材料中的表达差异显著。此结果可为深入研究抽穗期相关基因和穗发育调控机制奠定基础。

关 键 词:小麦  幼穗  近等基因系  二棱期  RNA-SEQ
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