| 雷蒙德氏棉和亚洲棉TCP基因家族的生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 李燕,姚金波,陈伟,张永山. 雷蒙德氏棉和亚洲棉TCP基因家族的生物信息学分析[J]. 棉花学报, 2016, 28(5): 434-442. DOI: 10.11963/issn.1002-7807.201605002 |
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| 作者姓名： | 李燕 姚金波 陈伟 张永山 |
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| 作者单位： | 中国农业科学院棉花研究所/棉花生物学国家重点实验室,河南安阳,455000 |
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| 基金项目： | 中央级公益性科研院所基本科研业务费专项(1610162015B13)，棉花生物学国家重点实验室基金(CB2015C16) |
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| 摘 要： | TCP基因家族是植物中特有的一类转录因子家族,涉及了植物的多种生长途径以及各种生理生化反应的信号传导。为了更好地了解TCP基因家族在雷蒙德氏棉和亚洲棉基因组中的数量和分布情况等,通过生物信息学方法,在雷蒙德氏棉(D5)和亚洲棉(A2)全基因组中分别鉴定出37个TCP基因家族成员,并对TCP家族成员进行基因结构、染色体定位、保守域、进化关系等分析。结果表明,雷蒙德氏棉和亚洲棉全基因组分别编码37个TCP转录因子成员。雷蒙德氏棉30个成员基因分布在10条染色体上,亚洲棉37个成员基因分布在13条染色体上;内含子/外显子结构分析表明,TCP基因结构较为简单,大部分不含内含子;功能结构域分析,发现所有TCP转录因子具有高度保守的TCP结构域;根据结构域差异和系统发育分析的结果,将TCP基因家族分成2个亚族,进一步划分为PCF、CIN、CYC/TB1三个亚类。以上结果为进一步研究棉花TCP基因家族各成员的功能奠定一定的理论基础。
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| 关 键 词： | TCP基因家族 雷蒙德氏棉 亚洲棉 生物信息学 |
Genome-Wide Identification of the TCP Gene Family in Gossypium raimondii and Gossypium arboreum Using Bioinformatic Analysis |
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| Li Yan,Yao Jinbo,Chen Wei,Zhang Yongshan. Genome-Wide Identification of the TCP Gene Family in Gossypium raimondii and Gossypium arboreum Using Bioinformatic Analysis[J]. Cotton Science, 2016, 28(5): 434-442. DOI: 10.11963/issn.1002-7807.201605002 |
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| Authors: | Li Yan Yao Jinbo Chen Wei Zhang Yongshan |
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| Affiliation: | Institute of Cotton Research of Chinese Academy of Agriculture Sciences / State Key Laboratory of Cotton Biology, Anyang, Henan 455000, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | TCP gene family Gossypium raimondii Gossypium arboreum bioinformatics |
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