| 棉花茎端发育长链非编码RNA的鉴定及功能预测 |
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| 引用本文： | 王芙蓉,乔清华,陈鹏云,袁哲诚,陈煜,樊守金,张军. 棉花茎端发育长链非编码RNA的鉴定及功能预测[J]. 棉花学报, 2016, 28(5): 470-477. DOI: 10.11963/issn.1002-7807.201605006 |
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| 作者姓名： | 王芙蓉 乔清华 陈鹏云 袁哲诚 陈煜 樊守金 张军 |
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| 作者单位： | 1. 山东省逆境植物重点实验室/山东师范大学生命科学学院,山东济南250014;山东棉花研究中心/农业部黄淮海棉花遗传改良与栽培生理重点实验室,山东济南250100;2. 山东棉花研究中心/农业部黄淮海棉花遗传改良与栽培生理重点实验室,山东济南,250100;3. 山东省逆境植物重点实验室/山东师范大学生命科学学院,山东济南,250014 |
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| 基金项目： | 国家现代农业产业技术体系——棉花产业技术体系(CARS-18-10)，泰山学者建设工程专项(ts201511070)，山东省农业科学院科技创新重点项目(2014CXZ10-3) |
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| 摘 要： | 长链非编码RNA(Long non-codingRNA,lncRNA)是一类长度在200 nt以上的非编码RNA。它不具备蛋白质编码功能,但在生物体中以RNA分子的形式参与众多生物过程。利用实验室前期获得的陆地棉茎尖转录组数据,鉴定了8044条lncRNA,其中3691条分布于At亚组,2852条分布于Dt亚组;通过基因组共定位、碱基互补配对等生物信息学方法对其中2227条lncRNA进行功能注释,其中1875条位于编码基因上下游,可能通过与编码基因的顺式作用元件或3’UTR区结合,在转录或者转录后水平调控基因表达;317条反义lncRNA与正义链的mRNA存在互作,通过碱基互补配对调控基因沉默、转录及mRNA的稳定性;20条lncRNA预测为microRNA的前体;5条lncRNA注释到4个lncRNA家族。功能注释表明,这些lncRNA主要参与转录调节、代谢、激素应答和信号转导等生物过程。本研究为充分利用高通量测序数据研究棉花lncRNA提供了新思路。
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| 关 键 词： | 棉花 茎尖转录组 长链非编码RNA 鉴定 功能预测 |
Long Non-Coding RNAs and Their Predicted Functions in Shoot Apex Development of Cotton (Gossypium hirsutum L.) |
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| Wang Furong,Qiao Qinghua,Chen Pengyun,Yuan Zhecheng,Chen Yu,Fan Shoujin,Zhang Jun. Long Non-Coding RNAs and Their Predicted Functions in Shoot Apex Development of Cotton (Gossypium hirsutum L.)[J]. Cotton Science, 2016, 28(5): 470-477. DOI: 10.11963/issn.1002-7807.201605006 |
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| Authors: | Wang Furong Qiao Qinghua Chen Pengyun Yuan Zhecheng Chen Yu Fan Shoujin Zhang Jun |
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| Affiliation: | 1. Shandong Provincial Key Laboratory of Plant Stress Research / College of Life Sciences, Shandong Normal University, Jinan, Shandong 250014, China; 2. Key Laboratory of Cotton Breeding and Cultivation in Huang-Huai-Hai Plain, Ministry of Agriculture / Cotton Research Center of Shandong Academy of Agricultural Sciences, Jinan, Shandong 250100, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | cotton shoot apical RNA-seq data long non-coding RNA identification functional prediction |
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