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新生犊牛肠炎的病因是多方面的,主要有:(1)饲养管理不当所致:(2)受细菌的感染如大肠杆菌、沙门氏菌、魏氏梭菌、假单胞菌、变形杆菌以及衣原体等的感染;(3)受细小病毒、腺病毒、疱疹病毒、细小核糖核酸病毒群的肠道病毒和萼状病毒、轮状病毒及冠状病毒的感染。(4)受寄生虫的侵染,主要是球虫,尤其是隐孢子虫会导致犊牛肠炎。