10种蔷薇科果树AAT基因家族鉴定、特性与表达分析

【目的】利用生物信息学对10种蔷薇科果树的AAT基因家族进行分析,为果实香气调控的候选基因鉴定提供前期基础。【方法】基于10种蔷薇科果树的全基因组测序结果,应用保守结构域鉴定不同果树的AAT基因家族,分析其理化性质、保守域结构、亚组分类、进化关系、内含子与外显子结构、染色体定位等信息。【结果】10种蔷薇科果树中共鉴定出46个AAT基因序列,分别为中国白梨4个、梅4个、桃8个、苹果7个、西洋梨4个、杜梨6个、甜樱桃2个、森林草莓1个、凤梨草莓7个以及黑树莓3个,各物种AAT基因随机分布在染色体上。通过聚类分析,将这46条基因序列分为4个区组;亚细胞定位与理化性质分析显示,AAT蛋白主要定位于细胞质上,整体在弱酸性至弱碱性的范围内,为亲水性蛋白,同时大部分蛋白呈现不稳定的状态。通过共线性与表达分析,发现蔷薇科果树AAT基因家族在其进化过程中主要受纯化选择作用的影响。【结论】在10种蔷薇科果树中,共鉴定出46个AAT基因家族序列,最少的为森林草莓(1个),最多的为桃(8个)。AAT基因家族的各序列结构相对保守,受纯化作用的影响明显。