| 巴西橡胶树转录组中SSR位点的信息分析 |
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| 引用本文： | 甘霖,覃碧,刘实忠,王秀全,范高俊. 巴西橡胶树转录组中SSR位点的信息分析[J]. 广东农业科学, 2014, 41(16): 142-146 |
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| 作者姓名： | 甘霖 覃碧 刘实忠 王秀全 范高俊 |
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| 作者单位： | 中国热带农业科学院橡胶研究所,海南儋州,571737 |
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| 基金项目： | 中国热带农业科学院院本级基本科研业务费专项 |
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| 摘 要： | 从NCBI网站下载橡胶树(Hevea brasiliensis)品种RRIM 600的全转录组数据(登录号:JT914190-JT981478),利用SSR软件MicroSAtellite (MISA),并采用含有1～10个碱基重复、碱基数在12 bp以上的鉴定标准对SSR基元进行鉴定分析.结果表明,从RRIM 600的全转录组数据中,共发现91 846个SSR,分布于42 859条Unigene中,发生频率为63.71％.橡胶树转录组SSR的平均长度为9 bp,平均分布频率是1/0.92 kb.其中含6个碱基重复基元类型最多,共有52 615个,占所鉴定SSR总数的57.29％.同时对这些SSR的可用性进行了评价.
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| 关 键 词： | 橡胶树 转录组 SSR信息分析 |
Bioinformatic analysis of SSR markers in transcriptome of rubber tree Hevea brasiliensis Muell. Arg. |
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| GAN Lin,QIN Bi,LIU Shi-zhong,WANG Xiu-quan,FAN Gao-jun. Bioinformatic analysis of SSR markers in transcriptome of rubber tree Hevea brasiliensis Muell. Arg.[J]. Guangdong Agricultural Sciences, 2014, 41(16): 142-146 |
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| Authors: | GAN Lin QIN Bi LIU Shi-zhong WANG Xiu-quan FAN Gao-jun |
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