| 葡萄miR169及其靶基因的生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 方辉,曲俊杰,孙嘉曼,尹玲,潘凤英.葡萄miR169及其靶基因的生物信息学分析[J].南方农业学报,2017,48(8). |
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| 作者姓名： | 方辉 曲俊杰 孙嘉曼 尹玲 潘凤英 |
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| 作者单位： | 1. 广西作物遗传改良生物技术重点开放实验室,南宁,530007;2. 广西作物遗传改良生物技术重点开放实验室,南宁 530007;广西农业科学院,南宁 530007 |
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| 基金项目： | 国家博士后科学基金项目，广西八桂学者专项资金项目，广西农业科学院科技发展基金项目，广西农业科学院基本科研业务专项项目 |
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| 摘 要： | 【目的】明确葡萄miR169(vvi-miR169)基因家族在葡萄生长发育及逆境胁迫响应中的重要作用,为其在葡萄分子育种和抗逆新品种选育中的应用提供参考依据。【方法】利用miRNA、Phytozome、NCBI等数据库及Clustal X2.1、MEGA 6.0、RNAfold Web Server、ps RNATarget等在线软件对vvi-miR169基因家族的序列分布、定位特征、二级结构、发育进化树和靶基因调控功能进行生物信息学分析。【结果】在miRBase中搜索到25条vvi-miR169基因同源序列,分别分布在6条染色体上,其中以位于Chr11上的序列最多,共有17条,位于Chr01、Chr04和Chr14上各有2条,而在Chr08和Chr17上各有1条。vvi-miR169基因家族成熟序列的碱基保守性很高,其前体序列均可形成稳定的二级茎环结构,且位于同一条染色体上的miR169基因序列显示出相对更近的亲缘关系。vvi-miR169基因家族共预测到21个靶基因,绝大部分miRNA都有多个靶基因,且不同miRNA具有相同的靶基因,其中有22个miRNA靶基因均含有GSVIVT01015120001(NF-YA转录因子)。【结论】vvi-miR169基因家族序列保守性较高,家族特征明显,且具有相似的调控功能;NF-YA转录因子是vvi-miR169基因家族最主要的靶基因,也是葡萄生长发育过程中抗逆境胁迫的主要调控元件。
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| 关 键 词： | 葡萄 miR169基因 靶基因 NF-YA转录因子 生物信息学 |
Bioinformatics analysis for miR169 and its target gene in Vitis vinifera |
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| FANG Hui,QU Jun-jie,SUN Jia-man,YIN Lin,PAN Feng-ying.Bioinformatics analysis for miR169 and its target gene in Vitis vinifera[J].Journal of Southern Agriculture,2017,48(8). |
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| Authors: | FANG Hui QU Jun-jie SUN Jia-man YIN Lin PAN Feng-ying |
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