| 一种基于卷积码模型的遗传序列分析方法 |
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| 引用本文： | 刘 晓,田逢春,李素芳. 一种基于卷积码模型的遗传序列分析方法[J]. 西北农林科技大学学报(自然科学版), 2010, 38(4): 207-214 |
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| 作者姓名： | 刘 晓 田逢春 李素芳 |
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| 作者单位： | 重庆大学通信工程学院;中国计量学院生命科学学院; |
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| 基金项目： | 教育部高等学校博士学科点专项科研基金项目(20050611022); 重庆市自然科学基金(重点)项目(2009BA2021) |
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| 摘 要： | 【目的】研究通信纠错编码理论在生物学领域研究中的应用。【方法】基于纠错编码理论,将卷积码模型分析方法用于遗传序列的分析,结合密码子简并性以及碱基关联短程为主的特性,对卷积码模型的生成矩阵、编码长度和约束长度等参数进行讨论。对2种原核生物(Escherichia colistr.K-12 substr.MG1655和Staphylococcus epidermidisATCC 12228)与2种真核生物(Arabidopsis thaliana chromosome 4和Oryza sativa(japonica cultivar-group)chromosome 10)DNA序列翻译起始及终止的特征进行分析,并通过对不同卷积码模型的比较,确定合适的分析模型。【结果】在适当的分析模型下,分析结果在开放阅读框(ORF)起始端和终止端附近,显示出与起始密码子和终止密码子位置紧密关联的明显码距变化,而不适当的分析模型则使分析结果与生物意义的对应关系下降;分析方法对2种原核生物和2种真核生物具有较好的统一性。【结论】通信纠错编码模型与蕴含纠错机制的生物序列编码特性可以较好地结合,这对将纠错编码理论与生物学研究相结合具有一定的指导意义。
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| 关 键 词： | 纠错编码 卷积码 短程关联优势 密码子 |
| 收稿时间： | 2009-09-01 |
A method for analyzing genetic sequence based on a convolutional code model |
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| LIU Xiao,TIAN Feng-chun,LI Su-fang,WANG Shi-yuan. A method for analyzing genetic sequence based on a convolutional code model[J]. Journal of Northwest A&F University（Natural Science Edition）, 2010, 38(4): 207-214 |
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| Authors: | LIU Xiao TIAN Feng-chun LI Su-fang WANG Shi-yuan |
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| Affiliation: | LIU Xiao1,TIAN Feng-chun1,LI Su-fang2,WANG Shi-yuan1(1 College of Communication Engineering,Chongqing University,Chongqing 400044,China,2 College of Life Sciences,China Jiliang University,Hangzhou,Zhejiang 310018,China) |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | error-correction coding convolutional code short-range dominance codon |
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