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| 温和气单胞菌CRISPR位点的检测与分析 | |
| 作者单位： | ;1.吉林农业大学动物科学技术学院;2.吉林省卫生监测检验中心 |
| 摘 要： | 为检测3株温和气单胞菌中是否存在CRISPR,采用PCR方法扩增3株菌的CRISPR序列,并利用生物信息学方法分析和预测了重复序列(direct repeat,DR)的同源性及二级结构。结果显示,3株温和气单胞菌中可信CRISPR个数为1,总长度为2 805bp,并含有42条间隔序列;可疑CRISPR个数为3,总长度为384bp。对可信CRISPR的DR二级结构预测发现,可形成发夹环,且头环由15个碱基构成,茎环含有5个碱基。在CRISPR BLAST中对测序结果进行同源性比对时发现,除多数同属或同种外,DR与嗜热螺旋体DSM 6192菌株、暗网菌属等远缘菌种均具有较高的同源性,且置信值为1;这说明温和气单胞菌株的CRISPR序列存在水平基因转移,并可能存在其他的进化进程。 |
| 关 键 词： | CRISPR 温和气单胞菌 二级结构预测 水平基因转移 |
Comparative analysis of CRISPR loci in Aeromonas sobria genomes |
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