运用计算机软件预测木质部寄生属信号肽

利用已经公布的木质部寄生属(Xylella fastidiosa)2 766个基因组数据信息,运用在线计算机预测软件,分析了木质部寄生属(Xylella fastidiosa)的分泌蛋白组。运用Signal P version 2.0预测得到204个开放阅读框架具有编码蛋白质的N-端信号肽;运用TMHMM、GPI-anchored预测具有非跨膜蛋白(或者在N-端信号肽只有1个跨膜区),不具有锚定位点的173个,运用Target P预测除去分泌到线粒体以及位置不确定的分泌蛋白,最终得到X.fastidiosa的分泌蛋白为149个。分泌类信号肽(Sec-type)114个和具双精氨酸结构的信号肽(RR-motif)32个,分别占分泌蛋白的76.5%和21.5%,脂蛋白信号肽3个,仅占2%,没有预测到类前菌毛信号肽和细菌素及外激素信号肽。