基于山茶转录组的SSR标记开发及亲缘关系分析

【目的】开发基于山茶转录组的EST-SSR分子标记，并应用该标记进行山茶种质的亲缘关系分析。【方法】本研究以山茶叶片转录组测序所获得的50 518条Unigenes为背景数据，利用MISA软件搜索SSR标记，设计并筛选SSR多态性引物，对8份山茶种质进行了UPGMA聚类。【结果】共检索到13 197个SSR位点，SSR的发生频率和分布频率分别为19.52%、26.12%，平均分布距离为4.33 kb；在6种SSR重复类型中，以单、二、三核苷酸这3种重复类型为主，分别占48.420%、34.917%和15.473%；出现频率高的基序类型为A/T、AG/CT和AT/TA，占总SSR位点的79.61%；三核苷酸中以AAG/CTT、ACC/GGT、AAT/ATT类型居多；在设计出的10 974对引物中，随机选用其中90对引物进行多态筛选，73对引物扩增产物与预期大小一致，有效扩增率为81.11%，29对引物存在扩增多态性，占39.73%。扩增得到72个等位基因，有效等位基因数平均达到3.264；观察杂合度和期望杂合度的平均值分别为0.208和0.638，引物多态信息含量平均为0.496；8份山茶种质在相似系数为0.58时，可以分为4类:山茶原种为Ⅰ类，‘黑蛋石’、‘红叶黑魔法’和‘黑骑士’为Ⅱ类，‘黑魔法’和‘金华美女’分别为Ⅲ类和Ⅳ类。【结论】山茶转录组测序的Unigenes信息可作为SSR标记开发的有效来源，为山茶的遗传多样性研究、亲缘关系鉴定以及分子标记辅助育种等奠定了一定的理论基础。