牡丹LINE 类反转录转座子RT 序列的克隆及分析 |
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引用本文: | 宋程威,郭大龙,张 曦,郭丽丽,侯小改.牡丹LINE 类反转录转座子RT 序列的克隆及分析[J].园艺学报,2014,41(1):157-164. |
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作者姓名: | 宋程威 郭大龙 张 曦 郭丽丽 侯小改 |
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作者单位: | 1 河南科技大学农学院,河南洛阳 471003;2 河南科技大学林学院,河南洛阳 471003;3 河南省高校牡丹工程技术
中心,河南洛阳 471003 |
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基金项目: | 国家自然科学基金项目(31070620);洛阳市科技攻关项目(1102061A);河南省高校科技创新人才支持计划项目
(13HASTIT004);河南省重点科技攻关项目(132102110029) |
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摘 要: | 利用LINE 简并引物从中原牡丹品种‘洛阳红’中扩增出580 bp 左右的目的条带,对其回
收、克隆、测序及相关生物信息学软件分析后获得32 条LINE 类牡丹反转录转座子RT(反转录酶)序列。
这些序列长度为547 ~ 593 bp,主要表现为点突变,经Clustal W 比对其同源性为25.7% ~ 94.2%。将其核
苷酸序列经聚类后可分为4 个家族,其中家族Ⅰ和 Ⅲ 分别占总序列数的50%和28%。将32 条RT 序列翻
译成氨基酸序列,在第18 氨基酸序列处有1 个非常保守的的甘氨酸(Gly),在138 氨基酸序列处有1 个
半保守的赖氨酸(Lys)位点。32 条序列均发生较多的终止密码子突变和移码突变。与其他物种的系统进
化树分析,表明牡丹LINE 类反转录转座子RT 序列既有一定的保守性,同时也与其他物种间存在一定的
同源性。
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关 键 词: | 牡丹 非LTR 类反转录转座子 反转录酶 |
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