马尾松转录组测序和分析 |
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引用本文: | 王晓锋,何卫龙,蔡卫佳,阮倩倩,潘婷,季孔庶.马尾松转录组测序和分析[J].分子植物育种,2013(3):385-392. |
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作者姓名: | 王晓锋 何卫龙 蔡卫佳 阮倩倩 潘婷 季孔庶 |
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作者单位: | 林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室,南京林业大学,南京,210037 |
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基金项目: | 林业公益性行业科研专项经费,国家十二五科技支撑项目,江苏高校优势学科建设工程项目共同资助 |
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摘 要: | 本研究首次构建了马尾松均一化cDNA文库,采用Illumina高通量测序技术对转录组进行了测序,利用生物信息学方法开展基因表达谱的研究、功能基因的预测。EST序列拼接获得83680个contig,其中33772个contig被注释为相应的331669对生物学功能,10647个contig被注释具有酶功能。根据KEGGpathway数据库,对马尾松转录组的contig进行Pathway生物学通路的注释和预测,共识别出10647个contig具有对应的1029种酶功能,并关联到135条生物学通路。SSR查找发现,从83680个contig中找到889个SSR位点,占contig总数的比例为1.06%。其中,三核苷酸重复所占比例最高,达到48.37%,其次是六核苷酸重复,为19.12%,比例最低的是四核苷酸重复,仅为4.72%,二核苷酸重复和五核苷酸重复基本相同,分别为14.62%和13.16%。SSR不同重复基元类型中,出现频率最高的为AT/AT,其次是AGC/CTG和AAG/CTT。
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关 键 词: | 马尾松 转录组测序 Illumina 高通量测序技术 SSR |
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