花生14-3-3基因家族的生物信息学分析 |
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作者姓名: | 姜焕焕 王通 禹山林 陈明娜 王冕 陈娜 潘丽娟 祁佩时 迟晓元 |
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作者单位: | 1 山东省花生研究所,山东 青岛 266100; 2 哈尔滨工业大学环境学院,黑龙江 哈尔滨 150001 |
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基金项目: | 2014年国家“万人计划”青年拔尖人才(W02070268),国家花生产业技术体系项目(CARS-13),国家自然科学基金项目(31701464),山东省自然科学基金项目(ZR2014YL011; ZR2014YL012;ZR2017YL017),山东省农业科学院青年科研基金项目(2016YQN14);山东省农业科学院青年英才培养计划,山东省农业科学院农业科技创新工程(CXGC2016B02, CXGC2018E21);青岛市应用研究专项青年专项(17-1-1-51-jch),山东省良种工程(2017LZGC003)及城市水资源与水环境国家重点实验室项目(2017DX15) |
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摘 要: | 14-3-3是一类广泛存在于真核生物细胞内的多基因家族蛋白,在植物信号传导、生长发育及抗逆胁迫反应中发挥重要作用。本文通过隐马尔柯夫模型(Hidden Markov Model,HMM),对野生花生(Arachis duranensis和Arachis ipaensis)基因组的蛋白质数据库进行搜索,获得Ad14-3-3基因家族成员14个,Ai14-3-3基因家族成员13个。进化树分析显示其主要分为ε类和非ε类,其中Ad14-3-3家族包含6个ε类和8个非ε类;Ai14-3-3家族包含了7个ε类和6个非ε类成员。进一步对该基因家族的理化性质、基因定位、基因结构及上游调控序列进行分析预测。结果显示, Ad14-3-3和Ai14-3-3基因家族的染色体定位相似,在1和6号染色体没有定位,在4和7号染色体上各有3个家族成员。花生中的14-3-3基因家族高度保守,ε类14-3-3蛋白主要包含6外显子,非ε类14-3-3蛋白主要包含3-4个外显子,ε类与非ε类14-3-3蛋白的保守基序存在显著区别。上游调控序列预测分析表明,花生14-3-3蛋白存在大量的激素及逆境胁迫应答元件,预示着该基因家族参与花生的生理及逆境胁迫反应。(1.山东省花生研究所,山东青岛,266100;2.哈尔滨工业大学环境学院,黑龙江哈尔滨,150001)
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关 键 词: | 花生 14-3-3蛋白 生物信息学分析 逆境胁迫 |
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