| 苹果功能基因组数据库的构建与使用 |
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| 引用本文： | 张世忠,付莹,周波,姜泽盛,许瑞瑞,束怀瑞.苹果功能基因组数据库的构建与使用[J].园艺学报,2012,39(11):2245-2250. |
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| 作者姓名： | 张世忠 付莹 周波 姜泽盛 许瑞瑞 束怀瑞 |
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| 作者单位： | （1 山东农业大学园艺科学与工程学院，山东泰安 271018；2 山东农业大学生命科学学院，山东泰安 271018；3 潍坊学院生物与农业工程学院，山东潍坊 261061） |
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| 基金项目： | 国家现代苹果产业技术体系项目 |
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| 摘 要： | 苹果功能基因组数据库是在苹果全基因组分析及注解基础上，对苹果基因组进行广泛的基因家族分类及系统进化分析；数据库还包含广泛的基因信息，包括CDS及蛋白质序列、染色体定位、基因结构、GO分类、蛋白质结构域分析、Interpro分类、表达谱、microRNA及相关文献等；此外，数据库还提供用户交互平台，研究人员可提交基因信息及相关文献等参与苹果基因注释。数据库登录地址是：http：//www. applegene. org/或http：//gfdb. sdau. edu. cn/。
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| 关 键 词： | 苹果 基因功能 基因家族 数据库 |
The Construction and Instruction Manual of Apple Functional Genomic Database |
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| ZHANG Shi-zhong,FU Ying,ZHOU Bo,JIANG Ze-sheng,XU Rui-rui,and SHU Huai-rui.The Construction and Instruction Manual of Apple Functional Genomic Database[J].Acta Horticulturae Sinica,2012,39(11):2245-2250. |
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| Authors: | ZHANG Shi-zhong FU Ying ZHOU Bo JIANG Ze-sheng XU Rui-rui and SHU Huai-rui |
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| Institution: | （1College of Horticulture Science and Technology，Shandong Agricultural Unversity，Tai’an，Shandong 271018，China；2College of Life Science，Shandong Agricultural Unversity，Tai’an，Shandong 271018，China；3 College of Biological and Agricultural Engineering，Weifang University，Weifang，Shandong 261061，China） |
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| Abstract: | Through analyzing and mining the genome-wide sequence of the apple，the Apple Gene Function and Gene Family DataBase（AppleGFDB）provide the classification and phylogenetic analysis of 159 gene families in apple. The database includes a series of information about the genes，including nucleotide or protein sequence，chromosomal location，gene structure，gene ontology（GO），protein conserved domain，interpro，the expression profile，microRNA and related publication. Furthermore，Apple GFDB specially develops a user-interactive platform which provided the researchers a chance to modify annotation of apple genes and submit publication. AppleGFDB was available at http：//www. applegene. org/ or http：//gfdb. sdau. edu. cn/. |
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| Keywords: | apple gene function gene family database |
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